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上海交大张大兵Cell子刊:新基因从何而来?

来自上海交通大学、马克斯普朗克分子植物生理学研究所以及莱斯特大学的研究人员报告称,他们在拟南芥和水稻中追溯了一些蛋白质编码基因的起源,基于研究发现他们提出了一个进化模型来解释一些新基因从雄性生殖细胞中出现的机制。这项研究发表在6月1日Cell出版社旗下的《分子植物》(Molecular Plant)杂志上。 文章的通讯作者是上海交通大学长江学者张大兵(Dabing Zhang)教授,张大兵教授研究组主要从事水稻遗传学、花器官和花药形成分子基础以及分子辅助育种等研究工作。近年来以通讯作者身份在Plant Cell等期刊上发表80多篇高质量研究论文。 在进化的过程中基因组内诞生一些新基因,一直被认为是功能和表型改变的一个主要推动力。在上世纪70年代,已故遗传学家大野乾(Susumu Ohno)提出基因和基因组复制是产生新基因的主要来源,所有新基因均来自已存在的基因。1977年,Jacob F提出一些新基因极有可能源自旧基因发......阅读全文

水稻WRKY基因家族成员功能研究取得阶段性进展

  植物在权衡生长投入和抗逆消耗的过程中存在精细的分子调控机制,其中较为普遍的是通过改变转录调控因子的表达来影响下游功能蛋白的活性进而建立新的代谢平衡。WRKY家族是一类典型的编码转录调控因子的基因家族,在拟南芥和水稻中分别拥有七十多和一百一十多个成员,已报道的WRKY基因功能广泛地涉及植物与病原微

成果盘点丨袁隆平团队在Science,PNAS等发表23项研究成果

  从2002年开始,袁隆平团队在Science,PNAS,Nature Communications ,Genome Research ,PLOS Biology 等杂志发表了23项研究成果,iNature系统介绍一下以袁隆平为通讯作者的典型研究成果,由于版面限制,我们只介绍其中典型的文章:  【

我国克隆出可制约水稻“长生不老”的基因

记者九月五日从华中农业大学获悉,该校科研人员新近采用突变体标签分离克隆基因技术,分离克隆出了一种可以制约水稻“长生不老”的基因:导入这个基因,可以正常地使水稻从营养生长转入到生殖生长阶段;去掉这个基因,水稻将一直处于营养生长阶段,只长茎叶,不开花、不结实。 由著名科学家、中国科学

植物生物学研究数据库

实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt

基因组所完成开发RiceWiki数据库

  近日,中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。   水稻是人类重

中国植物叶绿体基因组研究颠覆学界认知

  中国科学家一项历时五年的研究成果颠覆了学界对植物叶绿体基因组的认知——科学家发现整个叶绿体基因组都是可以转录的。该研究成果已于近日发表在了《自然》出版集团的《科学报告》上。  《科学报告》的审稿专家一致认为,“这一成果首次发现了我们从来没有想象过的现象,颠覆了传统遗传学上认为的只有叶绿体编码基因

研究揭示水稻miR528积累的精细调控和抗RSV病毒机制

   miRNA是调控植物生长、发育及环境适应性的一类重要转录后调节因子。中国科学院遗传与发育生物学研究所曹晓风研究组早期通过对水稻miRNA加工关键酶OsDCL1蛋白的研究,鉴定到了一系列重要的水稻miRNA成员(Liu et al., Plant Physiology, 2005)。其中,miR

袁隆平,朱立煌等人最新PNAS解析杂种优势

  来自中科院遗传与发育生物学研究所,湖南杂交水稻研究中心等处的研究人员通过系统遗传学的途径,综合表型组、基因组和转录组等组学信息,通过对二个永久性分离群体的遗传分析和图位克隆揭示了两系杂交稻两优培九的杂种产量优势的关键性状及相关的基因和QTLs。  这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNA

中科院获关于水稻组蛋白脱乙酰化酶基因启动子发明专利

  7月15日,由中科院华南植物园段俊等科研人员完成的“一种水稻组蛋白脱乙酰化酶基因HDT701启动子及其应用”获得国家发明专利授权(专利号:ZL201110327877.8)。   启动子是指DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域,通常位于编码基因的上游。在启动子片段中存在大

不同植物SBP-box基因家族的比较分析

实验概要本研究利用生物信息学资源和工具,对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所

上海生科院揭示水稻籽粒大小调控机制

  中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所国家基因研究中心团队在水稻控制籽粒大小的分子机制研究方面取得重要进展。他们经过多年的努力成功克隆和鉴定了一个控制水稻粒长与千粒重的关键基因GLW7,并深入研究了其分子机理及在水稻遗传改良中的作用,相关研究论文于3月7日在线发表在Nature Gene

中科院,上海师范大学Nature Genetics发文:

  来自中科院植物生理生态研究所,上海师范大学生命与环境科学学院等处的研究人员发表了题为“Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice”的文章,通过泛基因组分析揭示

亚热带生态所揭示OsSGL基因协同正向调控水稻耐旱性机制

  水稻是世界上最重要的粮食作物,而由于降水模式的年际变化和水稻生长季节降水量分布不均等原因,干旱胁迫仍是水稻粮食生产和粮食安全最严重的制约因素,在缺乏农业用水的地区尤其如此。据估计,水稻生产耗费了中国总用水量的大约一半,每年由于干旱造成的国民经济损失高达250亿美元。  中国科学院亚热带农业生态研

云序生物为你解密ATAC-seq研究方案

  ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某

为你解密ATAC-seq研究方案

ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那ATAC-seq技术到底什么呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶

研究揭示噬菌体蛋白调控宿主转录的分子机制

  7月11日,国际学术期刊《自然-通讯》(Nature Communications)在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所合成生物学重点实验室张余研究组与浙江大学医学院冯钰研究组合作完成的题为Structural basis for transcription anti

研究发现进化分蘖调控机制是稻子陆生的关键

  记者从云南大学获悉,该校农学院胡凤益研究员及其合作团队近日成功揭示了陆稻在陆生适应性进化中的分蘖调控作用机制。《自然》子刊《自然·通讯》在线发表了这一成果。  植物株型对作物产量具有重要作用,许多禾本科作物的驯化历史都经历了共有、平行的株型变化模式,即具有分蘖减少的转变。例如,玉米、高梁、小麦、

稻子为何能陆生?进化分蘖调控机制是关键

  记者从云南大学获悉,该校农学院胡凤益研究员及其合作团队近日成功揭示了陆稻在陆生适应性进化中的分蘖调控作用机制。《自然》子刊《自然·通讯》在线发表了这一成果。  植物株型对作物产量具有重要作用,许多禾本科作物的驯化历史都经历了共有、平行的株型变化模式,即具有分蘖减少的转变。例如,玉米、高梁、小麦、

水稻SPL5基因在抗病应答中负调控5-羟色胺的生物合成

  背景简介   超敏反应(hypersensitive response,HR)是一种植物特有的防御机制,是指植物在受到病原菌侵染后,在侵染部位诱发细胞死亡,从而有效阻止病原菌增殖的防卫反应。水稻spl5(spotted leaf 5)突变体能自发产生类似HR的细胞坏死斑(lesion),并显著

我国科学家发现提高水稻抗旱能力基因

  我国科学家研究发现,在水稻中高表达拟南芥WRKY57基因能显著提高水稻对干旱和高盐胁迫的耐受性。该项研究成果已于近日发表在国际期刊《植物科学前沿》上。  干旱是限制农作物产量和品质的重要环境因素之一,但是国际上对于植物对干旱耐受性的潜在分子机制仍不清楚。  据论文第一作者,中科院西双版纳热带植物

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

著名分子遗传学家洪孟民逝世 享年82岁

    著名分子遗传学家,中国科学院院士,中国共产党优秀党员,全国先进工作者,中国科学院第六、七届生物学部副主任,中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所研究员洪孟民因病医治无效,于2012年11月13日16时25分在上海市第六人民医院逝世,享年82岁。  洪孟民,1931年1

水稻SPL5基因在抗病应答中负调控5-羟色胺的生物合成

  背景简介   超敏反应(hypersensitive response,HR)是一种植物特有的防御机制,是指植物在受到病原菌侵染后,在侵染部位诱发细胞死亡,从而有效阻止病原菌增殖的防卫反应。水稻spl5(spotted leaf 5)突变体能自发产生类似HR的细胞坏死斑(lesion),并显著

RNA修复模板在植物中实现CRISPR/Cpf1同源重组修复

  借助 CRISPR/Cas 系统介导的 HDR,实现优异等位基因替换和基因定点插入,进而创制农作物新种质,是农作物基因组编辑研究的热点和重要课题之一。但目前这一技术的广泛应用仍十分具有挑战性,主要原因在于:1)CRISPR/Cas系统引起的基因组靶位点DNA序列双链断裂(Double-stran

从水稻中克隆出提高水稻抗旱抗盐能力的基因

   近日,周口师范学院唐跃辉博士带领该校的河南省作物分子育种与生物反应器重点实验室植物逆境研究课题组,从水稻中克隆获得了响应干旱和盐胁迫的基因,该基因能够提高水稻抗旱抗盐的能力。该研究成果在线发表于国际知名期刊《植物科学前沿》。  据悉,中国占到全球盐渍化总面积的1/10,且呈现上升的趋势。近年来

一文了解超级稻为何超级?

  据中国农科院最新消息,中国水稻研究所钱前院士团队联合中国农科院深圳农业基因组研究所,克隆了一个水稻粒宽粒重基因TGW2,并开展功能分析,阐明了水稻粒形的遗传调控机制,为水稻高产分子育种奠定了基础。相关研究成果在线发表于《新植物学家》(New Phytologist)。  团队成员、中国水稻研究所

水稻基因组编辑工具盒再添新成员

   据中国农科院最新消息,该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具,并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑(碱基对G·C和A·T的互换)以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和

华中农大:水稻株型及分枝调控研究获进展

  华中农业大学张启发、王磊等在水稻株型及分枝调控研究方面取得新进展。他们通过分析水稻3个microRNA及其靶基因在水稻株型发育中的作用及其分子机制,揭示了一个新的控制水稻株型建成的调控途径。相关成果日前发表于美国《国家科学院院刊》。   水稻的产量由单株穗数、每穗粒数和粒重共同构成,彼此之间相互

遗传发育所水稻耐受土壤低氮适应性机制研究获进展

  面对人口增长,育种的首要目标是高产,推动水稻第一次绿色革命的矮秆育种,使之能在大量施用化肥情况下,植株不会过高而造成倒伏,从而在高肥下获得较高产量。然而,长期高肥下的育种导致一些重要基因资源的丢失,以致主栽水稻品种肥料利用效率普遍较低。  中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才研究组对过去100

科学家编辑水稻DNA防御病原体

  外媒称,细菌性枯萎病袭击着东南亚和西非的稻田。这是一种被研究得非常透彻的作物疾病,它常常被用作研究微生物与其寄主植物间相互作用的一个模型系统。这种病原体被称为水稻黄单胞菌水稻致病变种,简称Xoo,它通过劫持一些外排糖的水稻基因来维持生存。研究人员已研究出如何编辑水稻的基因组以阻止这种劫持行为。