植物蛋白质组学和糖基化（一）
1. 前言与其他真核细胞一样，植物细胞中，糖基化通常发生在分泌蛋白质上，虽然在细胞质蛋白和核蛋白上也发现一些糖基化反应。根据寡糖部分和蛋白质骨架之间的连接方式，可将糖基化分为两种类型：N -糖基化和 O-糖基化。植物中 N-糖基化研究最多。1.1 N-糖基化与其他真核细胞一样，在植物细胞中，N-糖基化只发生在进入分泌途径的蛋白质上。它从内质网中的寡聚糖前体 Glc3Man9GlcNAC2 共翻译转移到构成初生蛋白质 ( Asn-X-Ser/Thr，X 可以是除脯氨酸和天冬氨酸以外的任意一种氨基酸）N--糖基化序列的特异天冬酰胺残基上开始，当新合成的蛋白质进入内质网腔后就发生 N 端序列糖基化反应（图 25-1B )。接着，当糖蛋白从内质网经高尔基体到达其最终目的地时，Glc3Man9GlcNAC2 前体沿着分泌途径进行进一步加工处理。如果糖基侧链能被内质网和高尔基体中的糖苷酶和糖基转移酶加工的话，Glc3Man9Gl......阅读全文
植物蛋白质组学和糖基化（一）
1. 前言与其他真核细胞一样，植物细胞中，糖基化通常发生在分泌蛋白质上，虽然在细胞质蛋白和核蛋白上也发现一些糖基化反应。根据寡糖部分和蛋白质骨架之间的连接方式，可将糖基化分为两种类型：N -糖基化和 O-糖基化。植物中 N-糖基化研究最多。1.1 N-糖基化与其他真核细胞一样，在植物细胞中，N-糖
植物蛋白质组学和糖基化实验（一）
实验材料 链霉亲和素-过氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白试剂、试剂盒 DIG 糖链检测试剂TTBS 缓冲液Lectin- biotinTBS 缓冲液实验步骤 3.1 这个蛋白质是糖蛋白吗只有一种方法能全面的回答“这个蛋白质是糖蛋白吗?”这个问题。这需要使用能检测并定量印记上糖蛋白
植物蛋白质组学和糖基化实验
实验材料链霉亲和素-过氧化物酶 牛胰核糖核酸酶 B
植物蛋白质组学和糖基化（二）
4. 注释( 1 ) 每个实验均使用新鲜的 3 mol/L 甲醇- HCl 和硅烷化试剂。( 2 ) 要仔细识别蛋白质印迹，因为 WGA 既能识别 N-糖苷的 GlcNAc，也能识别 O-GlcNAc。( 3 ) 用于在硝酸纤维素印迹膜上封闭结合位点的溶液应避免糖蛋白污染。所以我们建议在这一步骤中使
植物蛋白质组学和糖基化实验1
实验材料链霉亲和素-过氧化物酶牛胰核糖核酸酶 B甲基比喃甘露糖苷卵清白蛋白试剂、试剂盒DIG 糖链检测试剂TTBS 缓冲液Lectin- biotinTBS 缓冲液实验步骤3.1 这个蛋白质是糖蛋白吗只有一种方法能全面的回答“这个蛋白质是糖蛋白吗?”这个问题。这需要使用能检测并定量印记上糖蛋白的总糖
植物蛋白质组学和糖基化实验（四）
3.3 我的糖基化蛋白在哪实验人员可通过这个方法获得关于糖苷在蛋白骨架上的分布及糖苷本身的结构信息。这类实验可在纯化的糖蛋白或者从 1D 或 2D 电泳胶上分离出来的蛋白上进行，首先，用蛋白内切酶消化蛋白质，通过高效液相色谱（HPLC) 分离消化后的肽和糖肽混合物。对含有糖苷的收集组分进行糖
植物蛋白质组学和糖基化实验（二）
刀豆球蛋白 A (ConA)- 过氧化物酶方法（根据参考文献 20 修改的方法)。( 1 ) 通过 1D 或 2D 电泳分离，并转移到硝酸纤维素膜上。( 2 ) 用 TTBS 缓冲液浸泡印迹膜 1 h。( 3 ) 将印迹膜在含有 ConA ( 25 μg/ml）的 TTBS 缓冲液中，室温下温育 2
植物蛋白质组学和糖基化实验（五）
1. 含高甘露糖型 N-糖苷糖蛋白的鉴定本方法是我们实验室以油菜籽为实验材料建立的，本方法也适用于其他植物材料。( 1 ) 将 6 g 植物材料放入 4°C 预冷的研钵中，加入 50 ml 预冷的 TBS 缓冲液，研磨萃取蛋白质（见注释 13)，接着 10000 g 离心萃取物 30 min，去
植物蛋白质组学和糖基化实验2
3. 糖基释放后的蛋白质分析1 ) 糖基释放的化学处理方法还原性氨化反可应选择性的解离糖蛋白上的 O-糖苷（见注释 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，将其迁移情况与其糖基化形式的蛋白进行比较，电泳迁移率的增加是 O-连糖苷出现在蛋白上的证据（见注释 11)。( 1 ) 将 1
植物蛋白质组学和糖基化实验（三）
3. 糖基释放后的蛋白质分析1 ) 糖基释放的化学处理方法还原性氨化反可应选择性的解离糖蛋白上的 O-糖苷（见注释 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，将其迁移情况与其糖基化形式的蛋白进行比较，电泳迁移率的增加是 O-连糖苷出现在蛋白上的证据（见注释 11)。( 1 ) 将 1
甜蜜而富有挑战性的糖基化蛋白质组学研究
写在前面的话：对于研究糖基化蛋白质组学的学者们来讲，很多人喜欢用sweet这个词来形容自己的研究课题。我个人也很喜欢这个单词，这是一个让人感到幸福而温暖的词语，会让你对你的课题充满了爱意。但回头想想，当初懵懵懂懂读到研究生，误打误撞进入蛋白质组学圈，好像也就是随大流的主动抑或是被动选择了博士阶
植物蛋白质组学中的双向电泳技术实验（一）
试剂、试剂盒 尿素裂解溶液IPG 干胶条水化液IPG 胶条平衡液SDS 凝胶缓冲液电极缓冲液储液丙烯酰胺 甲叉双丙烯酰胺溶液过硫酸铵溶液琼脂糖溶液仪器、耗材 等电聚焦仪 IPGphor多重垂直 SDS 电泳仪实验步骤 3.1 第一向：在 IPG 胶条中进行等电聚焦（ IPG-IEF)采用 IPG (
植物表型成像系统植物表型和植物表型组学的概念
植物表型分析是理解植物基因功能及环境效应的关键环节，随着植物功能基因组学和作物分子育种研究的深入，传统的表型观测已经成为制约其发展的主要瓶颈，而高通量的植物表型组分析技术和植物表型组学研究是解决这一困境的有效途径。虽然植物表型组分析正在成为国内外研究的热点，相关概念仍然较为模糊，阻碍了这一新兴学
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究实验
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究（苯酚法提取蛋白质）实验材料植物组织 试剂、试剂盒苯酚
蛋白质组学揭示植物干旱胁迫的分子机制
Significant and unique changes in phosphorylation levels of four leaf phosphoproteins in two apple rootstock genotypes under drought stress.干旱胁迫对
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
Cell提出一个新“组学”：蛋白质代谢小分子互动组学
科学家们提出了一个新的“组学”——一个处理蛋白质和小分子之间相互作用的互动组学（protein-metabolite interactomics）。此前系统生物学家专注于基因组学或蛋白质组学，现在他们日益发现了蛋白质-代谢小分子之间相互作用的重要性。 基因组学针对的是生物体基因的系统分析，而蛋
蛋白质组学在植物科学研究中的应用
1 植物群体遗传蛋白质组学 1.l 遗传多样性蛋白质研究基于基因组学的一些遗传标记，如RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)、RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)、SSR(Simple Sequen
质谱和蛋白质组学：击中目标
Nature Methods - 5, 741 - 747 (2008) 作者：Nathan Blow 分析测试百科 译 近年来，质谱仪大幅提高了动态范围和灵敏度，使研究者们在疾病生物标志物的发现和验证方面，更从容地面对挑战。 在2008年6月的美国质谱大会（ASMS）
蛋白质组学研究的策略和范围
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。但是，由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。另一
蛋白质组学概念的起源和发展
蛋白质组学的诞生和发展，离不开多学科和技术的逐渐交叉融合。这些学科技术包括（但不限于）基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学。近年来，分子医学、大数据技术和人工智能的发展，进一步加速推动了蛋白质组学的成长，使之在精准医疗领域展示出越来越大的应
植物表型组学概念和测量方法讨论
首先植物表型是受基因和环境因素决定或影响的, 反映植物结构及组成、植物生长发育过程及结果的全部物理、生理、生化特征和性状。说到育种不得不提到“表型”的概念，在生物学和遗传育种领域，特别是作物育种领域，表型是指基因型和环境决定的形状、结构、大小、颜色等生物体的外在性状。表型组又是指某一生物的全部性状特
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（一）
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完成了对多种物
蛋白质组与蛋白质组学简介2
3 甲基化干扰实验用来检测蛋白质的结合位点。甲基化修饰的DNA探针可以干扰蛋白质的结合。结合位点上未被修饰的DNA片段才能与蛋白结合，然后将DNA从被修饰的碱基处切割，电泳分离，结合蛋白的DNA在结合位点上不能被修饰，不能切断，可确定结合位点的位置。 4 Dnase I 足纹分析 蛋白
蛋白质组与蛋白质组学简介1
一、蛋白质组概念：一个细胞、一个组织或一个机体全部基因所表达的全部蛋白质。 二、蛋白质组学研究范畴 1.蛋白质和蛋白质间 2.蛋白质和核酸之间 3.蛋白质及其组成质点的分离、分析、鉴定 4.蛋白质结构分析 5.生理、病理或不同发育状态下蛋白质组表
实质等同性（蛋白质组学）实验（一）
实验材料 ESI-MSMALDI - MS试剂、试剂盒 提取缓冲液仪器、耗材 SDS- 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤 众所周知，在实验室内和实验室间难以保证双向聚丙烯酰胺凝胶电泳的重复性。在我们实验室，强制性地要求严格遵守标准操作程序（sop ) , 以确保不同的操作者可以获得可重复的分离结果。小
蛋白质组学揭示油菜卷叶机理（一）
题目：Histological, Physiological, and Comparative Proteomic Analyses Provide Insights into Leaf Rolling in Brassica napus期刊：Journal of Proteome Research
蛋白质组学实用分析技术一览
分析其实也属于技术的一部分，且在蛋白质组学研究中显得尤为重要，因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的，而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性，因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究（苯酚法提取蛋白质...
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究（苯酚法提取蛋白质）实验实验材料 植物组织试剂、试剂盒 苯酚提取缓冲液沉淀液等电聚焦缓冲液仪器、耗材 低温粉碎机实验步骤 3.1 蛋白质提取( 1 ) 新鲜植物组织在液氮中冷冻，然后在自动低温粉碎机中预先冷却的钢杯中将材料研磨成细碎的粉末（见注释 4) 。( 2 ) 在
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究（苯酚法提取蛋白质）
实验材料植物组织试剂、试剂盒苯酚提取缓冲液沉淀液等电聚焦缓冲液仪器、耗材低温粉碎机实验步骤3.1 蛋白质提取( 1 ) 新鲜植物组织在液氮中冷冻，然后在自动低温粉碎机中预先冷却的钢杯中将材料研磨成细碎的粉末（见注释 4) 。( 2 ) 在一个 15 ml 的离心管（falcon tube) 中加入