CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中的任意序列进行精确修改了。 而且这也不是生物学家第一次利用到CRISPR 的作用。早在十年前，奶酪和酸奶制造商们其实就已经通过 CRISPR 生产能够更好抵御外来噬菌体的发酵材料。“这是一种非常有效的去除病毒的方法，”杜邦营养健康研发部主任Martin Kullen说，“CRISPR 一直被用于解决食物浪费的问题”。 发酵过程中噬菌体感染是乳制品生产过程中一直存在的问题，也是一个重要的问题。据世界著名的丹麦科汉森（Chr. Hansen）公司估计，全球大约有2%生产出来的奶酪都受到了噬菌体的攻击。这种感染还会减少牛奶发酵剂的酸化过......阅读全文
病毒和噬菌体载体的基本介绍
病毒主要有DNA(或RNA)和外壳蛋白组成,经包装后成为病毒颗粒。通过感染,病毒颗粒进入宿主细胞,利用宿主细胞的合成系统进行DNA(或RNA)复制和壳蛋白的合成,实现病毒颗粒的增殖。把感染细菌的病毒专门称为噬菌体,由此构建的克隆载体则称为噬菌体克隆载体。 噬菌体作为载体,可插入长10～20kb
CRISPR序列帮助理解噬菌体宿主相互作用的演变历史
近日，一项刊登在国际杂志The ISME Journal上的研究报告中，来自美国能源部联合基因组研究所的研究人员利用来自北加州铁山公司的宏基因组数据库和专门的工具，在CRISPRs的帮助下成功地在生态系统研究中将宿主和噬菌体进行了连接。未经培养的微生物和其噬菌体之间的相互作用可以影响局部生态系统
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
我国获得输入性黄热病毒全基因序列
国家卫计委13日通报，我国确诊一例输入性黄热病病例。今日，记者从中国疾控中心获悉，该中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，获得了输入性黄热病病毒的全基因序列。 据悉，中国疾控中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，在病人血液标本中直接获得了病毒全基因组序列。该病毒基因组全
后微生物组时代－首次发现人体特有的病毒组
我们人体中的病毒会影响微生物群体的结构和行为，但是关于身体许多区域的噬菌体，也就是感染细菌的病毒，科学家们所知甚少。近期一组研究人员发现，在膀胱中整合进细菌基因组的是噬菌体要比细菌本身多得多，这项出乎人意料的研究发现公布在1月29日的the Journal of Bacteriology杂志上。
RNA病毒扩拉检测的质控品和标准品研究进展
RNA病毒如丙型肝炎病毒（HCV）、人免疫缺陷病毒（HIV）、严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）等的核酸检测对于感染的早期诊断和抗病毒治疗疗效的动态观察具有重要价值。自1983年发明聚合酶链反应（PCR）技术以来，出现了基因扩增的概念。目前多采用核酸扩增技术（NAT）检测病毒RNA，
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
CRISPR的前世今生：酸奶中的CRISPR
两年前，一个缩写为CRISPR（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，规律间隔成簇短回文重复序列）的基因编辑工具横空出世，席卷了许多实验室。而在这一系统被开发的数亿年前，细菌和古细菌就利用其非常精确的对几乎每个基因组中
新型噬菌体递送系统，选择性攻击有害细菌/病毒
噬菌体疗法是一种很有前途的抗生素替代疗法，因为它只会攻击特定病原体，不会损害人体正常细菌，更不会为多药耐药性提供滋生土壤。但是，治疗性噬菌体难以纯化，更难的是如何被输送至感染部位，特别是肺部病灶。 乔治亚理工学院领导的研究小组展示了一种新型递送技术，这是一种含有噬菌体的干燥、多孔微粒，在动物实
我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定
2月22日，记者从军事医学科学院获悉，该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作，在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后，采用高通量测序技术，于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。 寨卡病毒属黄病毒科，是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中
中国严防人感染猪流感疫情－组织专家分析病毒序列
昨晚，卫生部新闻办公室表示，已经收到世界卫生组织通报，美国和墨西哥发生了人感染A/H1N1猪流感疫情，卫生部、农业部、国家质检总局等相关部门高度重视，正组织专家对病毒序列进行分析。此外，国家质检总局昨晚发布紧急公告，公布四项严防措施，防止猪流感传播，保护出入境人员的健康安全。 据了解，目前
Nat－Commun：惊奇！居然有病毒携带黑寡妇蜘蛛毒素基因
一种微小的病毒可能像黑寡妇蜘蛛一样蜇人。这是美国范德堡大学病毒学家Sarah Bordenstein和Seth Bordenstein对一种攻击沃尔巴克氏体（Wolbachia）---该寄生菌不仅成功地感染黑寡妇蜘蛛而且也成功地感染一半以上的节肢动物物种（包括昆虫、蜘蛛和甲壳纲动物）---的病毒
2月王牌聚焦：人体内微生物研究推陈出新
近年来人体肠道微生物组成为了研究“新宠”，这方面研究主要聚焦于细菌，那么人体内的病毒，噬菌体呢？2月的系列进展也许能给出部分答案。 芝加哥洛约拉大学的一组研究人员分析来自181位女性患者膀胱中收集到的序列数据，从他们研究的200个细菌基因组中鉴定出大部分细菌都有的450多种可能的噬菌体序列。超
噬菌体展示技术常见问题与解答
1、在噬菌体展示技术的应用中，M13噬菌体与其他噬菌体比有什么优点？ M13噬菌体和与其密切相关的丝状噬菌体fd和f1均为非裂解性噬菌体，它们在增殖期间均不裂解宿主菌。这就极大地简化了每轮淘选过程之间的中间噬菌体纯化步骤，只用简单的PEG沉淀方法就足以将噬菌体与其他所有污染的细胞蛋白分开
生物载体分类
质粒载体质粒载体是一种相对分子质量较小、独立于染色体DNA之外的环状DNA(一般有1～200 kb左右，kb为千碱基对)，有的一个细菌中有一个，有的一个细菌中有多个。质粒能通过细菌间的接合由一个细菌向另一个细菌转移，可以独立复制，也可整合到细菌染色体DNA中，随着染色体DNA的复制而复制。噬菌体载体
从肠道菌群到肠道病毒群
肠道菌群早以已经成为热点科技新闻概念，其核心要点是肠道内细菌是维持健康的重要因素。其实肠道菌群自己身体内也有另外一种生命，就是细菌病毒，又称为噬菌体。最近有研究发现，肠道内细菌感染的噬菌体对人体健康也具有重要价值，这些病毒无法裸露生活，都必须隐藏在细菌体内寄生。这里形成一个非常有趣的现象，人的肠
基因组重排的重组类型
基因重组是指一个基因的DNA序列是由两个或两个以上的亲本DNA组合起来的。基因重组是遗传的基本现象,病毒、原核生物和真核生物都存在基因重组现象。减数分裂可能发生基因重组。基因重组的特点是双DNA链间进行物质交换。真核生物,重组发生在减数分裂期同源染色体的非姊妹染色单体间,细菌可发生在转化或转导过程中
PLOS－ONE报道一种新噬菌体——巨型长尾病毒
目前，一个国际研究小组，在南部非洲纳米比亚平原的一具斑马尸体中，发现了一种新的巨型长尾病毒(或噬菌体)，这种病毒能够感染引起炭疽病的细菌。这种新的噬菌体，最终可能会为检测、治疗或净化炭疽杆菌(anthrax bacillus)及其引起食物中毒的近缘菌种，开辟新的途径。这项研究成果发
武汉检验科：通宵自测病毒序列，看到结果即感不妙
晚上9点，是记者和刘为勇约定的采访时间。 然而，直到深夜12点以后，他还没有回复微信。 刘为勇在武汉，华中科技大学同济医学院附属同济医院检验科，做新型冠状病毒检测工作。检验科新型冠状病毒检测团队部刘为勇在实验室 直到第二天下午，记者才等到他。 熬3通宵测出全基因组序列 拿到结果有不好预感
哈尔滨病毒基因序列确定为德尔塔－详细信息公开
9月24日，哈尔滨市召开疫情防控新闻发布会。会上通报，9月23日0时-24时，哈尔滨市新增新冠肺炎确诊病例15例，均在巴彦县 。根据目前已检出病例基因测序情况看，显示为德尔塔毒株 ，相关流调溯源工作正在国家、省疾控专家指导下，紧张有序开展，如果有结果将及时向社会公布。 上述新增确诊病例均是在集
Nature重大成果：揭示125000个病毒基因组
在地球的内部、地球之上以及地球的周围，微生物的数量达到了10^30，估计超过了银河系中的星星。微生物已知在调控碳固定，维持全球氮、硫、磷和其他营养素的循环中起至关重要的作用，但目前大多数的微生物仍然是无法培养和未知的。美国能源部正以这一“微生物暗物质”作为目标，更好地了解地球微生物的多样性，收集
Nature重大成果：揭示125000个病毒基因组
在地球的内部、地球之上以及地球的周围，微生物的数量达到了10^30，估计超过了银河系中的星星。微生物已知在调控碳固定，维持全球氮、硫、磷和其他营养素的循环中起至关重要的作用，但目前大多数的微生物仍然是无法培养和未知的。美国能源部正以这一“微生物暗物质”作为目标，更好地了解地球微生物的多样性，收集
研究发现人类肠道病毒因人而异
已知人类肠道中存在的大多数病毒是噬菌体，但它们如何与定植在体内的细菌相互作用一直是个悬而未决的问题。虽然微生物组近年来成了研究热点，但科学家们仍然有很多关于肠道菌群的未解之谜，尤其是涉及到肠道中的病毒。 近日，发表在Cell Host & Microbe上的一项研究中，来自爱尔兰科克大学的研究
λ噬菌体的局限性λ噬菌体
实验方法原理 本实验以含原λ噬菌体和缺陷噬菌体λdg的双重溶原菌gal+作为供体,经紫外线诱导后,获取能转导半乳糖发酵基因的高频转导噬菌体裂解液,然后让这些转导噬菌体将gal+基因转移到受体菌gal-中去。实验材料 供体菌 : Escherichia coli K12 F2 gal + (带有原噬菌
前导序列
中文名前导序列外文名leader sequence前导序列是结构基因中编码区之前的一段序列，这部分序列能被转录，但不被翻译，在mRNA是从5′端起至结构基因第一编码子开始点（通常 AUG）为止，在蛋白质合成过程中不被翻译。
Nature－|－云计算助力发现新型病毒
病毒给人类的健康带来了巨大的威胁，比如1918年的西班牙流感、AIDS、埃博拉、SARS、新冠病毒等。据估计，能够造成人群传染病的病毒有3x105之多，然而可惜的是人们只认识其中的很少一部分。因此，在全球范围内对病毒进行监测是预测和预防未来病毒传播的最有效手段之一。借助于新技术，比如高通量测序，人类
东北地理所旱地黑土T4型噬菌体研究取得突破
不同生态环境下T4型噬菌体群落分布特征的Unifrac分析 病毒是地球上数量最多的生命体，在控制寄主群落演替、遗传基因的水平移动、生物进化和地球生物化学循环中起到重要的作用。细菌病毒(噬菌体)数量上一般是细菌的10倍左右，被认为是地球上数量最多的病毒类型。尽管噬菌体广泛存在，
中国学者《Microbiome》揭示肠道噬菌体组与II型糖尿病相关性
中科院深圳先进技术研究院合成生物学研究所（筹）的研究人员发表了题为“A Human Gut Phage Catalog correlates the Gut Phageome with Type 2 Diabetes”的文章，通过人肠道噬菌体集揭示肠道噬菌体组和II型糖尿病的相关性，这首次证实
关于位点特异性重组的整合和切出的介绍
attB由称为BOB’的序列组成，而attP由POP'组成。O是核心序列，是attB和attP所共同的。而其两侧的序列是B，B’和P，P’，被称为臂。噬菌体DNA是环状的，重组时被整合入细菌染色体中，成为线性序列。前病毒的两侧是两个新的杂种att位点，左侧称为attL，由BOP’组成，而
血清丙型肝炎病毒感染指标及序列变异的动态研究
摘要 目的：探讨动态观测HCV感染指标及序列变异的意义。方法：ELISA方法检测抗-HCV-IgG、IgM，RT-PCR方法检测HCV rNA， PCR产物直接测序。结果：6例感染HCV的血透析患者抗-HCV-IgG的表现类型分为持续阴性及持续阳性两种；抗-HCV-IgM有四种表现：一过性