科学家找到深度学习基因组学应用的一顶“黑帽子”
研究人员首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合，利用深度学习强化RNA可变剪接分析的准确性。 在生命科研领域，常有人说深度学习的基因组学应用好比是“一个盲人在一间黑暗的房子里寻找一顶并不存在的黑色帽子”。言下之意，是遗憾深度学习的基因组学应用并没有给人们带来太多惊喜。不过，近日宾夕法尼亚大学和费城儿童医院教授邢毅团队的一项研究，找到了这样一顶“黑帽子”。 这项发表在《自然—方法》上的论文成果，提出了一种新的计算框架——DARTS（“利用深度学习强化对RNA-seq的可变剪接分析”英文的首字母缩写）。该计算框架首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合，用于RNA可变剪接分析。这种结合使得它即使对于测序深度不那么高的样品，也能有效提高RNA-seq定量差异剪接的准确度。 清华大学生命科学学院教授张强锋点评道：“DARTS综合了深度学习和贝叶斯假设检验统计模型的优点，为那些低测序深度的数据提供了更好的做可变剪接分析的手段，拓展了传统......阅读全文
科学家破译蓝鲸基因组
新华社柏林４月８日电 蓝鲸是地球上现存体型最大的动物。德国和瑞典研究人员最新报告说，他们破译了蓝鲸以及其他３种须鲸的完整基因组。 研究团队在新一期美国《科学进展》杂志上发表了相关论文。他们认为，这将有助于科学界以“前所未有的细节”追寻蓝鲸及其“亲戚”的进化历程。 须鲸包括蓝鲸、座头鲸
科学家破译蓝鲸基因组
蓝鲸是地球上现存体型最大的动物。德国和瑞典研究人员最新报告说，他们破译了蓝鲸以及其他３种须鲸的完整基因组。 研究团队在新一期美国《科学进展》杂志上发表了相关论文。他们认为，这将有助于科学界以“前所未有的细节”追寻蓝鲸及其“亲戚”的进化历程。 须鲸包括蓝鲸、座头鲸、灰鲸、长须鲸等种类。来自
科学家进行基因组测序 成功破译金雕基因组
作为一种知名度极高的猛禽，金雕经常以威猛霸气的形象出现在影视作品和小说中。现在，英国研究人员完成了对金雕的基因组测序工作，希望从基因层面深入了解这一物种，以便更好地保护它们。 金雕以巨大的体型和敏捷有力的飞行等特征而著名，其成鸟的翼展平均超过2米，体长可达1米。金雕一般生活于多山或丘陵地区
科学家完成柑橘基因组测序
美国佛罗里达大学研究人员带领的一个国际研究小组日前完成了对甜橙和克莱门氏小柑橘（为柑橘与酸柑杂交的品种）树的基因测序工作，并公布了相关基因图谱，这在柑橘属果树中尚属首次。 研究人员称，该基因图谱的公布将有助于科学家找到新方法来对抗包括柑橘黄龙病（又称黄枯病、青果病，对柑橘危
我科学家破译龙眼基因组
记者11日从福建农林大学获悉，该校赖钟雄科研团队的论文于牛津大学出版社出版的《Giga Science》杂志上在线发表。这是首次在国际公布的龙眼全基因组数据库，也是无患子科植物第一个全基因组数据库，标志着我国在相关领域的研究处于国际领先水平。 据赖钟雄研究员介绍，龙眼与近缘属果树荔枝、红毛丹
科学家启动“狮虎豹基因组计划”
日前，我国科学家在深圳宣布启动“狮虎豹基因组计划”，将在1年内完成狮虎豹基因组的序列框架图，并且在行为科学和保护生物学等众多学科领域探索基因组测序成果的应用。计划由深圳华大基因研究院、北京大学、黑龙江虎林园、中科院昆明动物所、美国圣·迭亚哥动物保护研究所等中外科学家共同发起并承担。 深圳华
科学家完成古老绿藻基因组测序
已知最小的真核生物Micromonas之一的电子断层切片( 0.5微米厚) 一个国际研究小组日前对两株被认为属于同一种藻类的古老绿藻进行了基因组测序，结果发现二者的基因只有90%相同。由于研究所用的绿藻位于真核生物生命树底部，科学家认为，这一发现为研究藻类以及陆地植物的进化提供了新线索
科学家成功解析大型褐藻基因组
日前，中国水产科学研究院黄海水产研究所海藻研究团队与中科院北京生命科学院等单位合作，成功解析了大型褐藻——海带的基因组，阐述了其进化和适应的分子机制，揭示了我国养殖海带群体生物多样性不足的现状，为大型褐藻种质资源研究和利用提供了新的数据和启示。相关成果发布在《自然—通讯》杂志上。 大型褐藻是
中国科学家领衔“破译”绵羊基因组
由中国科学家领衔的一个国际科研小组5日宣布，历经5年时间，他们完成了对绵羊基因组的测序、组装及分析工作。这项成果使人们对反刍动物生物学有了崭新认识。更重要的是，中国是绵羊和山羊饲养及羊肉消费大国，新研究将促进选育出更优秀的肉羊新品种。 绵羊基因组的测序工作在2009年正式启动，其中中国科学院昆
科学家完成迄今最大基因组测序
火炬松的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多，是目前已完成测序的最大基因组生长在美国佐治亚州奥古斯塔国家高尔夫俱乐部第17号洞附近的火炬松（Pinus taeda）曾挡住了美国前总统德怀特·戴维·艾森豪威尔的很多杆球。1956年，他曾试图砍掉这棵树。如今，火炬松正在