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人类基因组DNA甲基化数据分析

近期来自电子科技大学,清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发,阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法,并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法,以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观遗传学中最早被人们认识的现象之一,曾被称为有别于A,C,G,T的“第5种碱基”。在人类基因组中,约70%~80%的CpG处于甲基化状态,即呈现整体甲基化的特点,同时这种甲基化模式存在时间和空间上的差异性。空间上的差异性表现为非甲基化的CpG不是均匀分布在基因组上,而是成簇出现形成CpG密度较高的非甲基化区域,即CpG岛。 DNA甲基化与基因组印迹、干细胞分会化、胚胎发育以及包含癌症在内的多种疾病的发生与发展密切相关。因此,对于DNA甲基化的深入研究受到广泛关注,在2013年汤森路透的生物科学领域重点研究方向排名中,DNA甲基化被认为......阅读全文

家蚕基因组甲基化谱研究获突破

我国科学家利用新一代测序技术构建家蚕丝腺甲基化谱   由中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院、西南大学、上海肿瘤所等合作的研究成果“家蚕基因组甲基化谱”,5月2日在国际著名学术杂志《自然—生物技术》(Nature Biotechnology)上发表,这是中

DNA分析系统:基因甲基化研究的最佳工具

甲基化研究对于基因的 调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中,基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后,这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中DNA的甲基化变化,把健康人的大便

Pyrosequencing DNA分析系统:基因甲基化研究的最佳工具

甲基化研究对于基因的调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中,基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后,这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中DNA的甲基化变化,把健康人的大便与结肠癌患

RNA甲基化研究

近期华人科学家辛辛那提大学陈建军教授研究了METTL14和m6A RNA甲基化修饰在正常和恶性造血过程中的重要作用,表明SPI1-METTL14-MYB/MYC信号轴在髓系分化以及白血病发生过程中的作用。该研究于2018年1月发表在干细胞顶级期刊《Cell Steam Cell》(影响因子:

核移植胚胎干细胞的印迹基因甲基化研究

核移植来源的胚胎干细胞(NTES  cells)在以干细胞为基础的细胞治疗中扮演着非常重要的角色,得到全能性良好且表观遗传修饰正常的核移植胚胎干细胞是解决治疗性克隆安全问题的重要前提。DNA甲基化修饰在基因表达和印迹基因的表达中起非常重要的作用,两步法克隆可能存在的不完全重编程问题很可能存在于印

甲基化研究新套路

   组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向,然而传统甲基化研究一般分四步走:寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。   为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制,上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士课

lncRNA甲基化如何研究?

lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能,这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛,引入甲基化就能轻松的变废为宝,竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章,你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。RNA甲基化,作为最新的国自然热点受到

甲基化研究新思路

        组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向,然而传统甲基化研究一般分四步走:寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制,上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士

甲基化研究新套路

   组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向,然而传统甲基化研究一般分四步走:寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。   为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制,上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士课

研究首次揭示DNA主动去甲基化可靶向病毒基因

βC1在体外和体内增强DME活性。中国农科院植保所供图  近日,中国农业科学院植物保护研究所作物病原生物功能基因组研究创新团队联合清华大学生命科学学院,首次发现植物病毒可以利用植物的DNA主动去甲基化机制来逃逸植物的防御反应,相关研究结果在线发表于《自然—通讯》(Nature Communicati