Biotechniques：新一代测序中的缺口填补
在完成的基因组的复兴时代，科学家使用由第三代测序技术提供的长读取，来填补基因组装配中的缺口（gap）。新一代测序能赶得上吗？ 新一代测序，可让科学家们以比Sanger测序更快的速度和更低的价格，进行基因组测序，为1000美元基因组测序铺平了道路。但是这种方法牺牲了长读取速度，将平均读长减少至大约100个碱基对，而不是Sanger测序的800-900个碱基对。短的读取长度使得基因组装配更加困难，因为要产生可比较的装配，就需要增加覆盖范围，即，更多的重叠序列读长。 但是更深的覆盖范围并不能弥补某些问题。对于从头装配（de novo assembly）来说，比读取长度更长的重复序列会产生缺口，从而造成近年来比以往更多的分散组装。因此，更难检测到重复区域中的变异，这对于理解某些疾病可能是很重要的。 贝勒医学院人类基因组测序中心的遗传学家Kim Worley称：“关于短的读取数据，令人沮丧的是，在100个碱基对的读长内没有大量的......阅读全文
解析现代月季基因组序列
科学家研究现代月季基因。图片来源：monticelloshop.org 近日，法国农业科学研究院、里昂大学、法国国家科学研究中心的研究人员解密了现代月季的基因组序列。现代月季拥有独特的颜色与香味，广受称赞，这项研究帮助人们从分子角度了解这背后的基因和代谢流程。4月30日，相关论文在线刊登于《自然
基因组序列草图的概念
中文名称基因组序列草图英文名称draft genome sequence定 义已测定序列占到90%以上、测序精度在1%的基因组序列图。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
首次测定玉米蛇基因组序列
在现有的5000种哺乳动物中，有超过100种已经进行了基因组测序，但是，只有9种爬行动物（在10000个物种当中）的基因组对科学界来说是可用的。最近，瑞士日内瓦大学（UNIGE）的一个研究小组，构建了一个大的数据库，其中就包括一种爬行动物——玉米蛇的新基因组测序，这种蛇越来越多地被用来了解爬行动
概述酿酒酵母的基因组序列
1996年6月，在国际互联网的公共数据库中公布了酿酒酵母的完整基因组顺序，它被称为遗传学上的里程碑。因为首先，这是人们第一次获得真核生物基因组的完整核苷酸序列；其次，这是人们第一次获得一种易于操作的实验生物系统的完整基因组。 [10] 在酿酒酵母测序计划开始之前，人们通过传统的遗传学方法已确定
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
白菜甘蓝油菜全基因组序列测定
由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。 研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该
－震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！
震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！ 随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低，全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源，但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用，使得基因组数据面临很多问题。 近日，约翰霍
马铃薯基因组序列框架图全球发布
中国科学家的创新性思路助推测序工作提前完成 9月23日，由14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”分别在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地同时宣布了马铃薯基因组序列框架图的完成。此次公布的马铃薯基因“蓝图”绘制工作的中国参与单位主要来自中国农业科学院蔬菜花卉所和深圳华大基因研究院。
胡萝卜基因组序列草图成功绘出
来自美国的一个研究小组称，他们完成了对30余种胡萝卜样品的测序，绘制出了胡萝卜基因组序列草图。这很可能是迄今最完整的蔬菜基因组序列草图。研究人员称，这一研究阐明了胡萝卜的起源和演化过程，对改善胡萝卜和其他农作物的营养价值提供了可能。相关论文在线发表在《自然·遗传学》杂志网站上。 胡萝卜和生菜
Nat－Biotechnol：开发出混合宏基因组装配器OPERAMS
通过高通量宏基因组测序已实现了对微生物组的表征。然而，现有方法并不是将来自短读取技术和长读取技术的读取片段结合在一起。 在一项新的研究中，来自新加坡国立大学、新加坡基因组研究院、新加坡陈笃生医院、南洋理工大学和克罗地亚萨格勒布大学的研究人员开发出一种称为OPERA-MS的混合宏基因组装配
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一
四篇Science文章公布最新基因组序列
小麦是全球最重要的粮食作物之一，提供了20%人类所需的热量。2010年英国科学家宣布他们绘制出了小麦基因组草图，但这一序列并不完整。在7月17日Science杂志上，两个研究组分别公布了Chinese Spring小麦品种的每个染色体臂的基因组序列，以及小麦染色体3B基因组序列，另外两个研究小组
牡蛎全基因组序列图谱绘制完成
牡蛎基因组部分序列及其分析牡蛎基因组计划（OGP）团队成员在深圳华大基因研究院讨论项目中国科学院海洋研究所和深圳华大基因研究院签约仪式牡蛎是产量最大的海水养殖动物 牡蛎养殖 近日，牡蛎基因组计划（Oyster Genome Project，OGP）项目组宣布，
《Genome－Research》：根据基因组序列预测MRSA毒性
微生物毒力一直是一个复杂的多因素表型，与病原体的进化轨迹有着复杂的关联。毒性，破坏宿主细胞膜和粘附的能力，粘附到人体组织的能力，是许多细菌病原体的主要毒力因子，包括金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。 金黄色葡萄球菌是临床上常见的毒性较强的细菌，自从上世纪40
史上最全小麦基因组序列图集问世
据最新一期《自然》杂志报道，加拿大萨斯喀彻温大学领导的国际团队在一项对全球小麦生产具有里程碑意义的研究——10+基因组计划中，对代表全球育种计划的15个小麦品种的基因组进行了测序。这将使科学家和育种人员能够更快地识别出具有影响力的基因，从而提高小麦产量、害虫抗性和其他重要的农作物性状。 小麦
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
《自然》：美首次对老鼠基因组调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分——调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验
首次测定南极抗冻鱼基因组序列
近，包括美国东北大学H. William Detrich教授在内的一个国际研究小组，首次测定了南极抗冻鱼（Antarctic notothenioid fish）的基因组序列。他说，这一突破性成果，将阐明动物对寒冷水域独特的进化适应性，将有助于揭示鱼类如何应对海水温度上升，由于气候变化，预计接下
我国完成朱鹮全基因组序列图谱绘制
4月15日，深圳华大基因研究院与西安交通大学联合在西安公布了濒危野生动物朱鹮的全基因组序列图谱，这是继鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后，我国完成 的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱。朱鹮这种被称为“东方宝石”的珍稀鸟类目前世界仅存千余只，这一研究成果将对于挽救和保护朱
首个完整人类基因组序列公布
由美国国家人类基因组研究所、加利福尼亚大学圣克鲁斯分校、华盛顿大学等机构研究人员领衔的国际科研团队3月31日公布了首个完整、无间隙的人类基因组序列。与这项重大成果相关的6篇论文当天发表在美国《科学》杂志上。美国国家人类基因组研究所在一份公报中表示，人类基因组含有约30亿个DNA（脱氧核
美首次对老鼠基因组的调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分――调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验室主任任兵教
三篇Nature－Methods：定位基因组的调控序列
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。 近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数
科学家破译“纯种马”基因组序列
马有90多种遗传疾病与人类的遗传疾病相似 一个国际科研小组11月5日报告说，他们破译了“纯种马”的基因组序列。这项研究成果将刊登在6日出版的新一期《科学》杂志上。 报告中所指的“纯种马”最早是300多年前英国培育的一种名贵赛马品种，后被一些欧美和亚洲国家引进，主要用于赛马和马
科学家完成辣椒全基因组序列测定
由我国科技人员主导完成的“栽培种和野生种辣椒的全基因组测序揭示辣椒属的驯化与特异性”研究论文，今年3月在国际著名期刊《美国国家科学院院刊》(PNAS)刊发。该论文的正式发表，标志着辣椒基因组序列成功解码，我国辣椒基础性研究取得重大进展，进入分子育种阶段。 美国农艺学会主席、新墨西哥州立大学
真空泵装配
1、真空泵的装配顺序基本上可以按照拆卸顺序反向进行。在按装机械密封时应注意几点： （1）橡胶O型圈是否有损伤、溶胀现象，如有则必须更换。 （2）动、静环表面保持绝对清洁并涂少量机油。 2、填料密封按装时应注意： （1）轴套外圆跳动不大于0.05mm。 （2）填料截取后，搭口成45，并且
我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定
2月22日，记者从军事医学科学院获悉，该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作，在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后，采用高通量测序技术，于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。 寨卡病毒属黄病毒科，是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中
我国自主完成首个果树作物基因组序列图谱
华中农业大学今天透露，该校科研人员经过一年多努力，已绘制完成甜橙的全基因组序列图谱。这是我国自主完成的第一个果树作物基因组序列图谱。这一农业科技基础研究成果，将对加快我国柑橘品种改良，改变柑橘品种大量依赖进口的状况，提升我国柑橘产业的核心竞争力起到重要作用。 据悉，柑橘是世界栽培面积
我国科学家开发高效基因组序列分析工具
人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学
我国首获濒危物种白头叶猴全基因组序列
广西林业局11日提供的信息显示，中国首次获得濒危物种白头叶猴全基因组序列，揭示了白头叶猴能够在富含矿物离子的高碱性喀斯特山地长久生存的基因组遗传特征秘密。 白头叶猴是中国特有的生物物种，其体毛以黑色为主，与黑叶猴不同的是头部高耸着一撮直立的白毛。白头叶猴仅分布在广西崇左左江和明江间不足200平
遗传发育所等解析盐芥全基因组序列
盐芥是十字花科盐芥属的一种盐生植物，与双子叶植物研究中所常用的模式植物拟南芥亲缘关系较近。盐芥具有作为模式植物的一系列良好特征，如个体较小、生活周期短、自花授粉、种子量大、基因组较小，而且易于转化。最重要的是，盐芥具有对高盐、干旱和低温等非生物胁迫极高的耐受能力，这使其成为研究植物耐受非生物胁迫