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采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验

计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间,以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下,概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。实验步骤蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸(出现)在一指定位点的概率估计。这里,我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白质数据库或结构比对数据库中鉴别出来 [48] 。如果一个序列的结构已知,具有足够序列相似性的 [ 如序列同一性(identity) 大于 40% ] 可以认为共享同一结构。对这样结构相似蛋白质的多序列比对可以把氨基酸位点特异的概率简单地估计为比对中每一位置(出现)每......阅读全文

蒋华良研究组合作发表最新PNAS文章:蛋白互作界面预测

来自中科院上海药物研究所,美国莱斯大学的研究人员报道了最新研究成果,在可药性蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)界面预测与识别计算方法发展方面取得重要进展。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上,文章的通讯作者是上海药物研究所蒋华良研究员,以及莱斯大学José N. Onuchic博

翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验

翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验             实验步骤

采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验

采用计算方法的组合式蛋白质设计策略             实验步骤 蛋白

蛋白质纯化所需的生物提取物制备的实验

实验步骤一、化学法和酶法细胞裂解微量的细胞裂解经常通过化学法或酶法或二者共同采用来完成。例如, 超声和弗式细胞压碎器 (Frenchpress 均质机) 都不便于用在收集小于或等于 5 mL 的培养液的情况,而且应用这些机械的方法经常会遇到过度的产热和样品被氧化等问题。微量细胞裂解的简化方面的重大进

蛋白质纯化所需的生物提取物制备的实验

实验步骤 一、化学法和酶法细胞裂解 微量的细胞裂解经常通过化学法或酶法或二者共同采用来完成。例如, 超声和弗式细胞压碎器 (Frenchpress 均质机) 都不便于用在收集小于或等于 5 mL 的培养液的情况,而且应用这些

那些27岁的教授们

  据此前报道,浙江大学27岁的陆盈盈获评教授引起舆论纷争,最后浙江大学网站将她的头衔从教授改为“特聘研究员”。对于网络上的纷争,华中科技大学教授薛宇在自己的博客上发表了一篇文章,历数了那些年轻的教授们,表示这一事件并不应该大惊小怪。观察者网编辑查询发现,薛宇教授出生于1980年,2007年成为中国

国内外蛋白质组学大腕云集 聚焦生物质谱前沿技术

  2014年7月3日,全国生物质谱学术报告会--生物质谱前沿技术邀请报告会在上海复旦大学隆重召开。此次活动旨在积极促进我国生物质谱技术的发展和应用,加强国内外相关研究领域的专家学者之间的交流与合作,特邀瑞士苏黎世联邦技术学院分子系统生物学

蛋白质印迹技术30年“进化”史

  在发明蛋白质印迹法(Western Blot)出现了30多年之后,这项技术仍然是获取特定蛋白可靠鉴定的关键。许多近期涌现的产品利用各种方法来提高蛋白质印迹实验的可重复性、敏感性、定量性以及速度。   有三个人都被认为发展了蛋白质的免疫印迹方法,但其中只有一人才算得上是“Western

新技术助蛋白质转印法提速

  在发明蛋白质印迹法(Western Blot)出现了30多年之后,这项技术仍然是获取特定蛋白可靠鉴定的关键。许多近期涌现的产品利用各种方法来提高蛋白质印迹实验的可重复性、敏感性、定量性以及速度。  有三个人都被认为发展了蛋白质的免疫印迹方法,但其中只有一人才算得上是“Western B

2014质谱沙龙年末巨献 再掀质谱临床应用热潮

  2014年12月28日,“北京市继续教育-质谱沙龙2014报告会”在首都医科大学附属北京朝阳医院举行。本次质谱沙龙活动由首都医科大学附属北京朝阳医院、AB SCIEX公司主办,北京艾米诺医学研究有限公司、分析测试百科网、默沙东

包涵体的纯化和复性总结

关于包涵体的纯化是一个令人头疼的问题,包涵体的复性已经成为生物制药的瓶颈,关于包涵体的处理一般包括这么几步:菌体的破碎、包涵体的洗涤、溶解、复性以及纯化,内容比较庞杂 一、菌体的裂解 1、怎样裂解细菌?  细胞的破碎方法  1.高速组织捣碎

Nature Methods:2016年最值得关注的八大技术

  《Nature Methods》盘点2015年度技术,选出了最受关注的技术成果:单粒子低温电子显微镜(cryo-EM)技术。 除此之外,也整理出了2016年最值得关注的几项技术,分别为:细胞内蛋白标记(Protein labeling in cells)、细胞核结构(Unraveling nuc

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

蛋白质组技术的研究进展

大规模基因组测序计划的实施已改变生命科学的重心,在相当短的时期内,一些原核生物和某些低等真核生物的基因组序列已被测定. 1995年,流感嗜血杆菌基因组序列首次被破译,在此后不到两年的时间,近50个细菌的基因组序列已被完成. 然而,这仅仅是理解有机物功能的一个起点. 在基因组时代,许多DNA序列信息仅

蛋白质谱分析方法特点及其在蛋白组学研究领域中的应用

褚福亮,王福生, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室 北京市 100039项目负责人 王福生, 100039 ,北京市丰台路26号, 中国人民解放军第302医院全军艾滋病与病毒性肝炎重点实验室. fswang@public.b

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交技术(一)

一、概述  前面已经介绍了核酸分子单链之间有互补的碱基顺序,通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交

分子杂交

一、杂交通过碱基对之间非共价键(主要是氢键)的形成即出现稳定的双链区,这是核酸分子杂交的基础。杂交分子的形成并不要求两条单链的碱基顺序完全互补,所以不同来源的核酸单链只要彼此之间有一定程度的互补顺序(即某种程度的同源性)就可以形成杂交双链。分子杂交可在DNA与DNA、RNA与RNA或RNA与DNA的

分子光谱学术会议巨献:2018拉曼光谱新技术及应用大全

  2018年10月20日,第二十届全国分子光谱学学术会议暨2018年光谱年会开幕式暨40周年庆典在青岛举办(相关报道:庆祝中国光谱40年 构建中国光谱新时代)。在第一天的大会报告之后(相关报道:古人学问无遗力 今有分子光谱百家鸣),组委会也安排了精彩分会报告。分析测试百科网作为合作媒体为您带来拉曼

DNA序列测定的技术和策略

目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组寡核苷酸都有固定的起点,但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱

综述:欧美国家拉曼技术在临床诊断领域的应用情况

  分析测试百科网讯 拉曼光谱是一种分析分子结构的有用工具。拉曼光谱特征峰位置、强度和线宽可以提供分子振动、转动方面的信息,反映出不同的化学键或官能团。拉曼光谱作为一种无损、非接触的快速检测技术,已吸引广大科研人员的关注,并被应用于各行各业中。  由于拉曼样品用量很少,不需要对生物样品进行固定、脱水

穿越蛋白组学数据丛林

数据处理,验证,标准和蛋白质定量都是2007年10月在韩国举行的第六届人类蛋白质组组织(HUPO)世界年度会议的主题讨论内容。 HUPO成立于2001年2月,即人类基因组首张草图公布的同一周。现在,该组织的委员会有来自19个国家的48名成员,总部位于加拿大的麦吉尔大学以及蒙特利尔的基因组魁北克创新

IVD这个细分领域未来市场容量或达200亿

  2017年6月,世界经济论坛与《科学美国人》杂志的专家委员会联合选出了2017年度全球十大新兴技术榜单,其中肿瘤的无创诊断技术成功入选并荣膺榜首。肿瘤无创诊断技术即液体活检(liquid biopsies)的出现,标志着人类在攻克肿瘤的道路上又前进了一大步。与传统的组织活检相比,液体活检具备实时

现场同步直播 目击中国化学会第31届学术年会全过程

  分析测试百科网讯 2018年5月5日,中国化学会第31届学术年会在浙江省杭州市杭州国际博览中心盛大开幕。  在全国化学工作者的支持和积极参与下,中国化学会学术年会规模不断扩大,影响力不断提升,已经成为化学及相关领域门类最全、规模最大、水平最高的学术交流平台。中国化学会第 31 届学术 年会设

《科学》公布2016十大进展

  每年12月,《科学》杂志都会公布年度突破及入围成果。以下为今年的10大突破和赢家,排名不分先后。  1.时空涟漪撼动科学界  今年发现时空涟漪(即引力波)撼动了科学界。它完成了阿尔伯特·爱因斯坦在100年前完成的一项预测,为40年来寻找这种无穷小的涟漪画上了句号。但这个故事并未结束,科学家将此次

RAPD技术应用中的一些问题及对策

摘要:综述了RAPD技术的一些理论性问题,包括RAPD与其它分子标记技术相比的优点,影响结果重复性的因素,显性标记产生的原因,条带取舍的标准等。提出在实验中解决这些问题的一些方法:严格控制反应条件,采用单倍体和单剂量标记,系统学研究中要结合其它方法进行分析,定位基因时要选用合适的群体等。 

肿瘤微环境分析指导癌症治疗

  在免疫疗法时代,癌症生物学家依靠新一代工具来了解肿瘤和免疫细胞之间的相互作用是如何影响疾病进程的。  虽然Sean Bendall是一名病理学家,但最近却成了一名图谱制作者,他使用尖端的蛋白质绘图技术来描绘出肿瘤组织的变幻莫测的景观。  这项技术由Bendall在加州斯坦福大学(Stanford

2009年北京色谱年会隆重召开

  2009年12月11日上午9时许,由北京理化分析测试技术学会色谱学会主办的2009年北京色谱年会在京东宾馆第一会议室隆重召开。来自全国色谱界专家、厂商技术专家、青年研究者和学生300余人参加了会议。 2009年北京色谱年会会场     中科院化学所 刘国诠教授  &

第二十九期质谱沙龙活动报道

Triple TOF 5600 在生物标志物发现中的应用  郭立海博士作了题为《Triple TOF 5600 在生物标志物发现中的应用》的报告,主要介绍了蛋白质组发展趋势及其对质谱技术的要求,Triple TOF 5600分析蛋白质的三种应用,Triple TOF 5600独特的设计支持了同时定性

科技部发布《“十三五”中医药科技创新专项规划》

  分析测试百科网讯 近日,按照《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要》、《“十三五”国家科技创新规划》、《“健康中国2030”规划纲要》等总体部署,为加快推进中医药科技创新发展,科技部特制定《“十三五”中医药科技创新专项规划》:   “十三五”中医药科技创新专项规划  中医药蕴含着