目前,中科院青岛生物能源与过程研究所研发的“微生物组大数据搜索引擎”(Microbiome Search Engine; MSE)入选“2016年中国医药生物技术十大进展”。 微生物组(又称“菌群”)在人体中与生俱来,与人体健康息息相关。因此,对海量微生物组“大数据”的搜索与挖掘,有助于认识微生物组与疾病或生态灾害的关系,从而服务于生态系统的精准健康、精准护理与精准营养。 MSE首先建立了针对元基因组数据的超高速比对算法和数字索引机制,通过机器学习等手段,自动建立基于菌群的疾病与生态灾害的诊断与预测模型,从而计算“微生物组诊断与预警指数”,以判别菌群针对特定疾病的状态和风险。青岛生物能源所通过国际科技合作,借助MSE在世界上率先建立了基于人体共生菌群的口腔健康风险评估体系。目前正通过全国和国际范围内的口腔菌群大数据分析,系统考察人种、年龄、地域、生活习惯等因素对于这一健康风险评估体系的影响。MSE正通过“生物高通量......阅读全文
生物医学大数据广泛涉及人类健康相关的各个领域:临床医疗、公共卫生、医药研发、医疗市场与费用、个体行为与情绪、人类遗传学与组学、社会人口学、环境、健康网络与媒体数据。 大数据(big data)是指由于容量太大和过于复杂,无法在一定时间内用常规软件对其内容进行抓取、管理、存储、检索、共享、传输和
微生物组是微生物在自然界的存在形式,与人体、空气、土壤与海洋的健康息息相关。因此,微生物组科学与产业已经成为国际科技合作与竞争的“战略高地”。然而,大数据挖掘工具的匮乏,阻碍着微生物组研究从“数据分析”向“数据科学”的跨越。2010年,来自43个国家的500多名研究人员联合启动了“地球微生物组计
日前,中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心正式发布首个微生物组大数据搜索引擎——MSE(Microbiome Search Engine; http://mse.single-cell.cn),使得以整个微生物组为分析单元的智能搜索和大数据挖掘成为现实。 微生物组,又称“菌群”。
近年来,科学创新日渐进入"大数据"时代,各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展,使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展,我们
12月13日至15日,筹备已久的第一届深圳国际生物科技创新论坛暨展览会在深圳会展中心举办。来自美国、英国、德国等18个国家和地区的133家企业和机构参展,其中海外企业共有34家,占展商总数的25.6%。 “如何应对生物信息带来的大数据的挑战?”在这个平台上,国家超级计算天津中心主任刘光明在
计算机对质谱的发展一直起着巨大的影响。从数据采集到仪器操作再到数据分析,计算机在质谱发展史中的多个关键时刻都起到了积极推动作用。串联质谱和信息学的结合,使蛋白质组学能够快速将氨基酸序列与质谱图进行归属。 随着分析工具的日渐发展、数据生产数量与数据类型的逐渐多样化,计算机信息的处理能力也在不断增
2016年12月24日,由中国医药生物技术协会和《中国医药生物技术》杂志共同主办,杭州经济技术开发区管委会承办的“2016年中国医药生物技术十大进展评选”结果揭晓活动在杭州经济开发区召开。出席本次活动的嘉宾有评选专家团代表陈志南院士、钟世镇院士,主办和承办单位的领导,中央及地方近十家媒体记者。
基于菌群大数据搜索引擎实现疾病检测的原理 微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力,但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢?中科院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法,为此共性问题提供了原创解决方案。该研究成果近日在线发表于《美国微
微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力,但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢?中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法,为此共性问题提供了原创的解决方案。该工作于3月17日在线发表于mSystems(美国微生物学会会刊)
微生物组具有服务疾病诊治与生态监控的巨大潜力,但是其影响因素错综复杂。如何通过菌群检测实现快速精准的疾病诊断呢?中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心发明了基于菌群大数据搜索的疾病检测方法,为此共性问题提供了原创的解决方案。该工作于3月17日在线发表于mSystems(美国微生物学会会刊)
2019年2月5日上午,深圳华大团队在国际知名学术期刊自然旗下子刊自然生物技术上发表了关于人体肠道细菌基因组集(Culturable GenomeReference, CGR)研究成果。该研究提供了1500多条高质量的人体肠道细菌基因组,为肠道微生物组研究提供了大量全新的参考基因组数据,同时
加拿大阿伯特大学生命科学与计算科学教授David Wishart说,我们自身其实就是一大组生化反应,“因此,基因组和蛋白质组不断进化来支持代谢组,而不是相反的路径。” Wishart说,有别于其他组学方法,代谢组学提供了一种更加直接的生理状态检测方式。代谢组反应营养、胁迫或者疾病状态的速度比转
[央广网]3月11日13:00-14:00,中国之声《做客中央台》将专访国家质量监督检验检疫总局副局长陈钢。届时央广网将全程直播,敬请关注! [简介]陈钢,男,汉族,1958年12月生,江苏江阴人,1980年12月加入中国共产党,1976年12月参加工作,清华大学固体力学专业毕业,在职博士
最近,英国贝尔法斯特女王大学的一位著名癌症专家指出,将来自世界各地数以百万计的癌症患者的遗传信息进行共享,可能是彻底改变癌症预防和治疗的关键。相关研究结果发表在5月5日《Nature Medicine》杂志。 本文通讯作者是贝尔法斯特女王大学癌症研究和细胞生物学中心的Mark Lawler教授
10月份Science期刊又有哪些亮点研究值得学习呢?小编对此进行了整理,与各位分享。 1.Science:新研究揭示人类微生物组是潜力巨大的新型抗菌药物聚宝盆 doi:10.1126/science.aax9176 就像淘金热中的淘金者曾经在北加州的山上开采这种闪亮的贵金属一样,“生物勘
《麻省理工科技评论》于 2016 年正式落地中国,次年,“35 岁以下科技创新 35 人” (Innovators Under 35)中国榜单正式发布!四年成长、四届榜单,我们持续关注和发掘中国科技发展中不断崛起的新兴力量。从实验室里最新的技术研发成果,到各前沿领域的科技创业者们所取得的里程碑式
近日,美国斯坦福大学的研究人员在对人类微生物组的大规模分析中,发现了超过四千种过去不为人知的小型蛋白质,如果这些蛋白质的形状和功能可以在实验室中重建,那么它们将有助于研究人员增进对微生物组如何影响人类健康的科学理解,并为新药的开发铺平道路。 该研究已发表在《Cell》上。 我们的身体仿佛一个充
分析测试百科网讯 近日,海南省教学仪器设备招标中心受招标人海南大学委托,采购场发射透射电子显微镜、基质辅助激光解析电离串联飞行时间质谱仪、纳米喷雾干燥仪、石英晶体微天平、多功能样品前处理平台、热重-红外图像-气质联用原位反应系统、显微傅里叶变换红外光谱仪+光声光谱检测器、差示扫描量热
科学研究在很多人眼里是一件非常严肃的事情,不过总有一些科学家不走寻常路,会脑洞大开地进行一些非常有“趣味”的研究,而当人们看到这些科研成果时或许会眼前一亮;在即将过去的2019年里科学家们又有哪些脑洞大开的趣味研究发现呢?时至岁末,小编对这些趣味研究成果进行了整理,分享给大家。 【1】EJPC
--访上海百趣生物医学科技有限公司总经理邓军亮 代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科,是系统生物学的重要组成部分。成立于2012年的上海阿趣生物科技有限公司(上海百趣生物医学科技有限公司全资子公司)是国内代谢组学和蛋白质组学检测方面的先行者之一,为近千家科研院所和相关企业
封面故事: “人类微生物组项目”发表首批研究成果 本期封面图片受到科学艺术家Joana Ricou原创画作的启发。“人类微生物组项目”(HMP)的目标是,对在人体中存在,并在疾病及健康状态下与人体互动的微生物群落进行定性。在本期《自然》上的两篇文章论文中,HMP联盟发表
你的身体是一个仙境。这是一个充满了数万亿个细菌的仙境。但它并不像听起来的那么可怕。事实上,有越来越多的证据表明,我们健康的许多方面都与我们体内的细菌的组成和多样性密切相关,不过具体是如何相关联在一起的,目前在很大程度上还不清楚。 在一项新的研究,来自美国斯坦福大学医学院的研究人员发现这些存在于
编者按:癌症是世界上最具毁灭性的疾病之一。三分之一的女性和二分之一的男性有可能会在一生中会遇到癌症。我们该怎么打败它? 作为一个成功的科技企业家,肖恩·派克(Sean Parker)曾与扎克伯格一起创立在线社交网络公司Facebook,并担任创始总裁。由于自身过敏和免疫疾病,派克很早就对免
常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0
生物通报道:中国一家最有趣的生物科技公司,已经实现了早期看似不切实际的诺言,利用人工智能(AI)来彻底改变卫生保健。 1月5日,深圳iCarbonX公司创始人、华大基因前CEO王俊在数字生活峰会(Digital Life Summit)上表示,他们已经与来自世界各地、专门收集不同类型卫生保健数
分析测试百科网讯 东方人的思维更偏向于实用主义,比如大家常认为创新来自于应用驱动;世界上还有一种创新首先来自于技术或理论的突破,然后再去寻找应用的方向,布鲁克的timsTOF便是后者。2016年发布Trapped Ion Mobility捕集离子淌度质谱后,引起了组学和临床领域科学大咖们的广泛兴
今年的国家自然科学基金中质谱技术项目包括……国家自然科学基金委员会公布了2018年国家自然科学基金申请项目评审结果,此次共接收项目申请214867项,经初步审查和复审后共受理211462项。 今年的国家自然科学基金中质谱技术项目包括: 项目批准号 项目名称 项目负责人 依托单位 批准金额
基因编辑技术是指对目标基因进行编辑,实现对特定DNA片段的敲除、插入等。自CRISPR/Cas9基因编辑技术问世以来,取得了一系列重大突破,并相继在2012、2013、2015和2017年被Science杂志评为十大科学进展之一。因此,CRISPR/Cas9以其操作简便和成本低廉等优势受到了众多
基因编辑技术是指对目标基因进行编辑,实现对特定DNA片段的敲除、插入等。自CRISPR/Cas9基因编辑技术问世以来,取得了一系列重大突破,并相继在2012、2013、2015和2017年被Science杂志评为十大科学进展之一。因此,CRISPR/Cas9以其操作简便和成本低廉等优势受到了众多
6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息,总共收录有6200多条序列,其中有882条是去年新增的序列