QTL 定位就是采用类似单基因定位的方法将QTL 定位在遗传图谱上，确定QTL 与遗传标记间的距离（以重组率表示）。根据标记数目的不同，可分为单标记、双标记和多标记几种方法。
根据统计分析方法的不同，可分为方差与均值分析法、回归及相关分析法、矩估计及最大似然法等。根据标记区间数可分为零区间作图、单区间作图和多区间作图。
此外，还有将不同方法结合起来的综合分析方法，如QTL 复合区间作图（CIM）多区间作图（MIM）、多QTL 作图、多性状作图（MTM）等。
