国家生物医学分析中心蛋白质组学技术平台

蛋白质组学开放平台

本平台由军事医学科学院投巨资建设， 负责人为: 张学敏, 何 昆, 杨松成。本平台也得到了国家863项目、国家自然科学基金和北京市科委大力资助。投入千万余元引进超高性能混合型串联傅立叶变换回旋共振质谱[NanoLC-Q-FT-ICR-MS]。

1. 基本情况

国家生物医学分析中心（NCBA）蛋白质组学技术平台始建于1997年，主要由小规模双向电泳和第一代生物质谱（TofSpec 和Platform II）组成。

该平台于2001年更新为接近当年国际水平的第二代——高通量（200 ～ 300蛋白质/天）、高灵敏（fmol）、高分辨率（>10,000）、高准确度（5 pmol）的较完整系统，包括可同时运行12块电泳胶的Ettan DALT twelve（Amersham）、能够进行随机序列分析和准确鉴定翻译后修饰的毛细管高效液相色谱-电喷雾-四极杆飞行时间串联质谱（CapLC Q-TOF2，Micromass）、带有源后衰变（PSD）功能的基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS，Reflex III）和高自动化、可连续运行3840个样品的飞行时间质谱Autoflex（Bruker）、高容量HCT离子阱质谱和三级四极Quattro电喷雾串联质谱以及自动切胶系统SpotCutter（Bio Rad）和自动酶切系统MassPrep（Micromass）。

本平台已经更新为第三代。它以超高性能的9.4T混合型串联傅里叶变换回旋共振质谱为主要特征。分辨率超过140万，准确度优于1.0 ppm，可实现超高分辨、高准确度和高灵敏度的多级串联质谱功能。该系统配备了丰富的辅助离子解离组件，可实现整体蛋白质的序列标签分析，无须进行酶切而直接鉴定蛋白质，是研究生物标志物最有力的、最可靠的手段。

全国近400单位/课题组在此平台上工作，课题来源包括973课题、863课题、国家自然科学基金、开发与生产等。确认了数十个全新蛋白。部分单位根据我们提供的结果成功克隆到新基因。许多课题因为本平台支持而获得国家、地方科技基金的资助。

北京质谱开放平台

北京质谱开放技术平台在2004年由国家科技部、北京市科委和军事医学科学院国家生物医学分析中心联合投资共建。核心仪器是9.4T混合型四极杆傅里叶变换离子回旋共振质谱仪（Q-FT-MS），此外中心还有十余台质谱仪配套设施，主要用于新药研发、生物反恐、药物和毒物分析、蛋白质组学、代谢组学、生物医学分析、食品和环境卫生分析等体系，为我国在上述领域的科学研究、新药产品开发和社会经济活动提供重要的技术支撑和服务。中心已通过国家计量认证和“中国实验室国家认可”，可提供权威的分析数据和检测报告。

双向电泳与样品制备技术

• BIO-RAD公司PROTEAN IEF Cell等电聚焦仪。
• Amersham pharmcia Biotech公司IPGphor等电聚焦仪。
• BIO-RAD公司PROTEAN II xi Cell电泳槽。
• Amersham pharmcia Biotech公司Ettan DALT II System。
• Amersham pharmcia Biotech公司Hoefet miniVE electrophoresis and electrotransfer Unit。
• 图像分析软件为Amersham pharmcia Biotech公司imageMaster™ 2D version:5.0
• 自动切胶系统SpotCutter
• 自动酶切系统MassPrep 

蛋白质组学中的核心质谱技术

纳升电喷雾四极杆飞行时间串联质谱仪Q-TOF2(LC-MS/MS，共3套)拥有强大的De novo 测序功能和自动化LC-MS/MS DDA功能，是多肽组学研究的重要技术。样品用量少，仅fmol样品就可测序（如电泳胶），可测N端封闭的蛋白质序列（Edman降解不能），确认新蛋白质可信度非常高。还可对蛋白质的翻译后修饰、不同剪切形式及氨基酸序列变异进行分析。

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS，共3套)可测定生物大分子的分子量高达600KDa。通过肽质量指纹谱（PMF）和肽序列标签（PST）技术可高灵敏度、高通量、快速鉴定蛋白质，是蛋白质组学研究必不可少的生物质谱，也是临床蛋白质组学首选的技术。还可分析寡核苷酸序列、多糖结构、聚合物分子量分布、特殊合成化学品等。  
 
质谱技术体系

• 高通量蛋白鉴定技术
• 肽序列标签和多肽序列De Novo测定法
• 高分辨串联质谱多肽序列标签自动化分析
• 蛋白质糖基化含量、位点和糖链的结构分析
• 蛋白质磷酸化含量及位点分析
• 蛋白质氨基酸修饰或突变研究及高级结构研究
• 单寡核苷酸多态性（SNP）快速分析与鉴定
• 二硫键研究技术：游离巯基和二硫键定位技术
• 糖类、核酸与反义核酸等生物大分子相互作用研究
• 抗原和抗体、配基和受体等非共价键相互作用
• 药物代谢与代谢组学研究
• 中药成分指纹谱研究

联系人：何昆 He Kun
电话：010-66939396，010-66874903  传真：010-68186281
Email ：hk@proteomics.cn
主 页 ：http://www.proteomics.cn/
单 位 ：军事医学科学院国家生物医学分析中心
地址：北京市海淀区太平路27号

--------------------------------------------------------------------------
帐号 ：02000049090268083-14
户名 ：中国人民解放军军事医学科学院生物医学分析中心
银行 ：中国工商行永定路支行（请注明收款人）
--------------------------------------------------------------------------