蛋白质组学研究平台依托微生物资源前期开发国家重点实验室，于2004年开始筹建。目前，该平台有多台高效液相色谱仪、离子色谱仪、双向电泳、荧光定量定量PCR仪、MALDI-TOF-TOF质谱仪及多维液相色谱质谱联用仪等大型仪器。
该平台的主要职责和功能：
1）参与国家重大课题（973、 863、国家自然科学基金及其他课题）研究；
2）负责中国科学院微生物研究所及兄弟单位的样品检测；
3）负责对研究生进行蛋白质组学相关的实验技术及课题指导和培训；
4）和兄弟单位进行蛋白质组学相关的课题合作。
主要研究领域：
（1）比较蛋白质组学
在研项目：极端嗜热菌及烟曲霉比较蛋白质组研究，采用如下技术路线：
（2） 表达蛋白质组学
利用双向电泳，多维液相色谱及质谱进行表达蛋白质组研究
在研项目：链霉菌细胞壁蛋白质组、烟曲霉细胞膜蛋白质组、糖蛋白质组、磷酸化蛋白质组及其他亚细胞蛋白质组研究
（3）蛋白质翻译后修饰研究
在研项目：糖蛋白及磷酸化蛋白研究
（4）生物信息学
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