生物大分子国家重点实验室自1989年建立以来，始终坚持面向国家需求和世界科技前沿，坚持学科交叉，重视自主创新，在国家科技创新体系中发挥骨干和引领作用。2008年，在国家科技部、中科院等主管部门领导的关怀和扶持下，在生物物理研究所的大力支持以及实验室全体同仁的共同努力下，实验室取得了长足的进步，各项工作成绩斐然。
2008年，徐涛研究员主持的“血糖调节相关的调控型分泌的分子机理研究”获得“2008年度国家自然科学奖” 二等奖;陈润生院士参与完成的“中国汉族人群高血压易感基因研究”和秦志海研究员主持完成的“抑制血管新生是抗肿瘤免疫反应的主要效应机制”分别获得北京市科学技术奖二、三等奖。饶子和院士荣获2008年度“谈家桢成就奖”，陈润生院士荣获“何梁何利基金奖科学与技术进步奖 ”。饶子和院士、王大成院士、陈润生院士荣获“生物物理研究所建所50周年突出贡献个人奖”。
2008年，生物大分子国家重点实验室发表SCI收录期刊上的学术论文(含合作文章)共计107篇，其中IF在PNAS以上的有13篇，平均影响因子IF为4.7。以实验室为第一署名单位和通讯作者单位在Nature上发表两篇文章。其中，江涛研究组报道了神经营养因子3与其受体p75NTR胞外区复合物的晶体结构，揭示了神经营养因子与其受体p75NTR相互作用的方式与结构基础;刘迎芳研究组和饶子和院士领导的南开大学-清华大学-生物物理研究所联合实验室率先揭示了流感病毒聚合酶关键部分PA亚基与PB1多肽复合体的精细三维结构，为进一步开展对流感病毒聚合酶功能机制的研究提供了结构生物学基础，对深层次的理论研究以及药物开发工作具有深远的影响。本年度实验室共申请国内发明专利 14 项，有4项专利被授权。
2008年，生物大分子国家重点实验室新增主持国家、院级重要课题46项，其中国家“973”计划课题7项;重大研究计划课题2项;国家重大专项项目4项;国家自然科学基金重点项目3项;国家自然科学基金委杰出青年基金项目1项;国家自然科学基金面上项目22项;中国科学院知识创新重大项目课题2 项;中国科学院知识创新方向性项目3项;中国科学院重大科研装备研制项目2项。
人才建设始终是生物大分子国家重点实验室发展的根本，2008年实验室引进“百人计划”人才4名，引进研究员2名。许瑞明、吴瑛两位研究员顺利通过国家级“海外高端人才引进计划”答辩。实验室现有40个固定研究组，其中院士8名;中国科学院“百人计划”入选者26名;国家杰出青年基金获得者5名; “长江学者奖励计划”特聘教授2名。研究生历来是我们的后备生力军，也是流动队伍中不可或缺的重要部分。目前，在读研究生356名，其中176名博士生，180名硕士生，2008年获得博士学位51名，在站博士后23名。
2008年，生物大分子国家重点实验室通过汇聚高层人才，提升科研条件，凝练学科方向，并以此为基础，全面推进蛋白质科学国家实验室筹建进程。
--完成了国家实验室主任招聘工作。2008年3月3日，中国科学院召开了蛋白质科学国家实验室主任招聘答辩评议会。由科技部、基金委、中国科学院有关部门领导和专家组成的招聘评议委员会成员参加了会议。来自美国纽约大学医学院的许瑞明教授、阿贡国家实验室的张荣光教授、俄克拉荷马州医学基金会研究所张凯高级研究员和西北大学医学院吴瑛教授分别作了现场答辩。3月16日，中科院正式下发文件，任命许瑞明为蛋白质科学国家实验室(筹)主任。
--“蛋白质研究”基地项目顺利通过中期评审。2006年，国家重大基础研究计划“蛋白质研究”正式启动，作为科技部指定的项目依托基地，实验室承担了“重要功能蛋白质复合体的功能与结构研究”和“重要功能膜蛋白的功能与结构研究”两个项目。2007年12月，科技部组织专家对基地项目进行了中期评审，课题负责人对专家组作了课题进展报告。2008年初，首席科学家王志珍院士、陈畅研究员分别向专家组就项目的整体运行情况作了详细汇报。专家组在听取项目首席的项目进展报告并审阅项目中期汇报材料后，一致认为两个项目运行状态良好，对项目组的研究进展给予了充分肯定和好评，基地项目顺利通过“2+3” 中期评审，项目进入后三年执行期。
——蛋白质科学平台二期建设全面启动。为了推进蛋白质科学国家实验室的建设进程，做好前期筹建工作，2007年末，中科院第12次院长办公会审议并原则通过了中国科学院蛋白质科学平台二期建设实施方案，科学院将在4年内划拨院专项经费2亿元用于平台二期建设，支撑蛋白质科学研究的长远发展。2008 年，蛋白质科学平台二期建设顺利启动，2007-2008年建设阶段的设备采购款获得批复，设备配置方案已经完成专家论证，其中设备购置项目33项，仪器设备研制项目4项，关键设备正在顺利实施过程中。
---蛋白质科学综合实验楼封顶。总投资6300万元的蛋白质科学综合实验楼建设于2007年11月15日开工,主体结构施工于2008年6月25 日完成，现已封顶，预计在2009年投入使用。该科研楼建筑面积1.5万平方米，地下一层，地上9层。新楼的建成，将为满足科研用房需求，特别是国家实验室学科增长布局与高层人才引进提供了重要条件保障。
——凝练学科方向，构建创新团队。2008年7月，生物大分子国家实验室在烟台召开战略研讨会，参会PI和学术委员会成员共计60余人。在本次会议上，依托“蛋白质研究计划”基地项目经费和生物大分子国家重点实验室专项经费的稳定支持，凝练了8个重要方向性项目，形成8个攻关团队开展研究。科研团队建设将成为实验室开展针对重大科学问题长期探索的重要科研组织模式，对此实验室将不断进行完善和优化，探索国家实验室体制下长期稳定支持重要科研方向的全新体制机制。
——加强对外开放、扩大交流与合作。在国家重点实验室专项经费的支持下，2008年，实验室通过面向海内外公开发布指南征集开放课题，经学术委员会评审，共支持开放课题9项，经费总计100万元，实质性推进了实验室与海内外同行的科研合作。
2008年生物大分子国家重点实验室承办了结构生物学X-衍射晶体学国际研讨班。这是美国冷泉港自1988发起举办的系列国际研讨班后第2次在美国之外的国家举办，对中国结构生物学的发展有着深远的意义。本次研讨会共邀请了20位来自世界各地富有经验的著名专家担任授课老师，150余名立志结构生物学研究且很有潜力的硕士、博士研究生参加了研讨班。2008年实验室主办或协办还包括纳米生物传感器专题研讨会;第15届国际生物发光和化学发光大会 (15Th ISBC);第七届全国钙信号和细胞功能研讨会;纳米材料与技术在生物医学中的应用研讨会;第14届国际自由基大会(14th SFRR)等国际国内会议。2008年度生物大分子国家重点实验室成员邀请国内外知名学者做生物物理研究所所级学术报告20余场，其中诺贝尔生理及医学奖获得者、“DNA之父”詹姆斯·沃森(James Watson)也应邀到实验室参观，并为实验室的师生们奉献了一场精彩的报告。
先进的价值理念，良好的文化生态，和谐的科研氛围，已经成为实验室核心竞争力的重要源泉。2009年，实验室将迎来建室20周年华诞。回顾过去，生物大分子国家重点实验室在我国在蛋白质结构与功能方面的研究处于弱势状态的环境下成立，历经20年的发展，不仅推动了我国生物大分子结构研究的发展，在蛋白质三维晶体结构、蛋白质结构和功能等方面都做出了重要贡献，有力推动了结构生物学在我国的蓬勃发展。展望未来，我们将在生物大分子国家重点实验室基础上，积极推进蛋白质科学国家实验室的筹建进程，着力打造一流的蛋白质研究国家基地，力争为我国生命科学发展做出新贡献。
生物大分子国家重点实验室自从成立以来，获得多项奖项，发表SCI收录期刊上的学术论文(含合作文章)共计107篇，主持国家、院级重要课题46项，引进大量人才，不仅推动了我国生物大分子结构研究的发展，在蛋白质三维晶体结构、蛋白质结构和功能等方面都做出了重要贡献，有力推动了结构生物学在我国的蓬勃发展。
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