用RNAseq快速绘制大脑图
在过去的十年中，DNA和RNA测序技术已迅猛发展并且更加便宜，现在它们被运用到各种新的领域中。最近在《Neuron》发表的一项新研究中，研究人员使用RNA测序技术，在单个神经元水平上绘制小鼠的大脑图。这种新技术被称为Multiplexed Analysis of Projections by Sequencing (MAPseq)，可能比目前的方案更快和更容易。延伸阅读：华人学者构建新的大脑图谱；《科学》：迄今为止最详细的大脑连接图 。 这项研究的第一作者、冷泉港实验室Anthony Zador教授的研究生Justus Kebschull说：“有了MAPseq，我们试图查明单个神经元最终到达哪里。”Zador的团队积极开发MAPseq，因为缺乏高通量方法来跟踪单个神经元。 在这项新的研究中，研究人员向一个选定的脑区，注射了一种含有大量RNA分子的失活病毒。每个RNA分子都有其独特的“条码”序列，每一个都在一个神经元中结束......阅读全文
脑创伤外泌体环状RNA的鉴定功能及预测
近期，云序生物客户天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。该课题组集合了外泌体和环状RNA两大科研热点，应用云序生物提供的全转录组测序服务，仅通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影响因子5.19）
利用单细胞RNA测序技术阐明机体多种类型味觉细胞机制
日前，一项刊登在国际杂志Scientific Reports上的研究报告中，来自美国滨州莫奈尔中心(Monell Center)的研究人员通过研究开发出了一种新技术能够鉴别出了任何味觉受体细胞的一整套基因，相关研究或能帮助研究人员阐明味觉感受器细胞发挥特殊功能的分子机制。 研究者Sunil S
Nature－Methods新方法能矫正RNAseq测序的技术偏差
基因表达分析正越来越多地用于癌症的诊断和检测，是生物学研究的主要工具，一种新型的计算方法可以提高基因表达分析的准确性。 来自卡耐基梅隆大学和纽约州立大学石溪分校的研究人员称，他们的方法（被称作Salmon）能够矫正转录组测序技术（RNA-seq）中的技术偏差。而且这种技术预估基因表达水平的速度
大脑发育图揭示五种疾病根源
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498245.shtm
大脑发育图揭示五种疾病根源
科技日报北京4月10日电 （记者刘霞）据英国《新科学家》杂志网站8日报道，美国科学家绘制出了发育中大脑迄今最详细的基因图谱，揭示了可能影响人们罹患精神分裂症和双相情感障碍等5种疾病风险的大脑网络，有助科学家开发针对这些遗传疾病的干预措施。此前多个科学团队研究了相对较少的大脑样本，以研究胚胎或胎儿大脑
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
显微技术（图）
显微镜是观察细胞的主要工具。根据光源不同，可分为光学显微镜和电子显微镜两大类。前者以可见光（紫外线显微镜以紫外光）为光源，后者则以电子束为光源。—、光学显微镜（一）、普通光学显微镜普通生物显微镜由3部分构成，即：①照明系统，包括光源和聚光器；②光学放大系统，由物镜和目镜组成，是显微镜的主体，为了消除
显微技术（图）
显微镜是观察细胞的主要工具。根据光源不同，可分为光学显微镜和电子显微镜两大类。前者以可见光（紫外线显微镜以紫外光）为光源，后者则以电子束为光源。—、光学显微镜（一）、普通光学显微镜普通生物显微镜由3部分构成，即：①照明系统，包括光源和聚光器；②光学放大系统，由物镜和目镜组成，是显微镜的主体，为了消除
RNA干扰技术(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因时，发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达，而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA（sense RNA）以期观察到基因表达的增强。但得到的结果
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
NASA首次在太空完成RNA直接测序
去年底，美国宇航员在国际空间站首次完成了DNA测序，而不用将样本运送回地球。如今，他们又利用Oxford Nanopore的MinION测序仪，在太空成功完成了RNA直接测序。 这项工作是基于前人的努力。2016年8月，美国宇航员Kate Rubins首次在微重力的环境下完成了DNA测序工作。
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
RNA测序深入了解疱疹病毒
近日，发表在《Nature Communications》上的一项研究中，研究人员利用单细胞RNA测序深入了解了疱疹病毒，为预防疱疹感染带来了新的见解。 如果你的嘴唇开始刺痛发痒，通常意味着你将患上唇疱疹，这是一种小而令人疼痛的水泡，里面充满了具有高度传染性的单纯疱疹病毒（HSV）。 单纯疱疹
Nature：5种RNA测序法终极PK
近日，美国哈佛大学与麻省理工学院的研究人员，将5种不同的转录组测序( RNA -seq )法进行了对比，比较结果显示 RNAse H 技术在分析低质 RNA 样品方面优于其他技术，且价格最为便宜; SMART 和 NuGEN 法适应于分析少量 RNA 。两篇研究论文在线发表在5月19日的
DNA测序技术
目前还有一种基于半导体芯片的新一代革命性测序技术——Ion Torrent。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片， 一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时，会释放出一个氢离子，反应池中的PH发生改变，位于池下的离子感受器感受到H+离子信号，H+离子信号再直
单细胞测序的重要性及应用方向（二）
3 在神经科学中的应用单细胞测序技术帮助科学家更深入的了解大脑神经细胞。2017年，Salk生物研究所领导的团队根据甲基化和调控特征，区分小鼠和人类大脑样本中的神经元亚型，并鉴定出人类额叶皮质中一组新的神经元[6]。研究人员利用单细胞甲基化测序分析小鼠和人类额叶皮质样本中近6200个神经元，并根据甲
科研人员研发RNA甲基化7甲基鸟嘌呤测序技术
7-甲基鸟嘌呤（m7G）修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一，广泛分布于tRNA、rRNA以及真核生物mRNA的5’帽子区，对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。近期研究表明高等真核生物mRNA内部也含有m7G修饰，然而对其分布特征和调控作用目前尚不清楚。 中国科
DNA测序技术的测序的规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
测序技术及测序仪器的比较
自sanger测序技术发明以来，经人类基因组计划的促进，测序技术有了跨越式的发展，以实验方法与实验仪器的改进为标志,测序技术经历了三代的发展，同时测序技术向着高通量测序，单分子测序，低价格测序的方向发展，目前测序技术已成为分子生物学实验中的重要的实验手段。本文主要简单回溯了测序技术的发展历史，介绍了
反义技术——RNA干扰（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干扰（RNA interference，RNAi）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在RNAi领域取得的进步，已经有许多这方面的综述发表（2-4）。RNA干扰是由长的双链 RNA
－Science：迄今为止最详细的大脑连接图
一项最新研究揭示了将近2000个成体小鼠视觉皮层神经元的形态和电生理特征，同时也描述了超过11000对细胞间连接。这是迄今为止最为详尽的大脑连接图谱，相关成果公布在11月26日的Science杂志上，从中科学家们了解了大量新型神经细胞类型，以及目前尚未弄轻蹙的本地连接模式。 “我十分想知道这些
脑创伤外泌体环状RNA的鉴定功能及预测
近期，云序生物客户天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。该课题组集合了外泌体和环状RNA两大科研热点，应用云序生物提供的全转录组测序服务，仅通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影响因子5.19）
科学家发明单碱基分辨率测序技术：CeUSeq
2015年6月15日，北京大学生命科学学院伊成器研究组在《Nature Chemical Biology》杂志在线发表题为“Chemical pulldown reveals dynamic pseudouridylation of the mammalian transcriptome
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结
应用Arraystar－ChIRP测序和RNA测序于糖尿病性肾病研究
美国德克萨斯大学安德森癌症研究中心Farhad R. Danesh教授主要从事肾脏病理的基础与临床研究。近期，其实验室通过Arraystar RNA-seq发现lncRNA分子——Tug1在糖尿病小鼠体内低表达。表达谱芯片及Arraystar CHIRP-seq等证明，Tug1能够直接结合PGC