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华南植物园在报春苣苔属叶绿体基因组装研究取得进展

报春苣苔属是典型的喀斯特岩溶洞穴植物,具有非常丰富的物种多样性和特有性,是研究喀斯特植物适应性进化和物种形成的理想模式。图1. 报春苣苔属叶绿体基因组一致性圈图 中科院华南植物园植物科学研究中心冯超博士等人在康明研究员的指导下,以报春苣苔属植物为材料,率先搭建了该属三个完整的叶绿体基因组并进行结构注释,继而提出了两种高变异区段挖掘的新策略。策略一命名为Con_Sea:基于多物种叶绿体基因组的联配结果,找出真正的保守区和变异区(Con_Sea),并开发新的叶绿体标记。结合生信分析及实验验证,我们发现基于Con_Sea区域开发的叶绿体新标记的多态性程度高于传统的基于非编码区开发的标记。策略二简称SACRing:直接从PE RAD-Seq数据中分离并组装出简化叶绿体基因组,并基于各样本叶绿体基因组的共有区段,进行群体遗传或系统发育研究。研究人员采用三个自然群体的21个个体的RAD真实数据,进一步证实了该方法的可行性。基于该流程组......阅读全文

喀斯特植物基因组大小的进化模式研究获进展

  基因组大小即物种单倍体的DNA含量,是一个物种基本的生物学特性,也是进化生物学领域的重要理论问题。物种基因组大小的进化包括适应性和非适应性等多种机制,但不同机制在基因组大小进化过程中的重要性却一直存在争议。   喀斯特地区是我国植物多样性和特有性的热点区域,迄今为止没有开展过该地区植物基因组大