Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individual specie)为对象获得的研究成果。大约在10年前，科研人员们开始获得自然环境中存在的、非人工培养的细菌或古细菌(archaea)的基因组草图，这些基因组数据为科研人员们了解这些微生物在自然环境中的作用打开了一条新的渠道。这就是所谓的宏基因组学(metagenomics)技术，该技术的发展现在已经可以做到从多个不同的环境样本中快速、准确地获得环境微生物的基因组序列。这些成果有可能会彻底颠覆我们对生命之树结构，以及各个物种代谢能力的理解和认识。生物信息学的飞速发展也提供了另外一种便利，由于能够全面了解遗传信息和数据，所以能够快速......阅读全文
基因序列揭示非洲人早期历史
人类在非洲的早期历史正日益成为人们关注的焦点。一项新的研究对源自这片大陆的十几个族群的180个基因组进行了研究，其中一些基因组之前从未被分析过。 初步研究结果表明，在4万多年前，其中两个族群（桑人和巴卡人）的规模相当于当时其他族群的两倍，并且这两个族群生活在中东部非洲或南部非洲。 研究人员在
首次测定玉米蛇基因组序列
在现有的5000种哺乳动物中，有超过100种已经进行了基因组测序，但是，只有9种爬行动物（在10000个物种当中）的基因组对科学界来说是可用的。最近，瑞士日内瓦大学（UNIGE）的一个研究小组，构建了一个大的数据库，其中就包括一种爬行动物——玉米蛇的新基因组测序，这种蛇越来越多地被用来了解爬行动
3000株水稻基因序列公开发表
近日，3000株水稻基因组测序文章在GigaScience正式发表，且整套水稻基因序列以可引用形式在该杂志的附属开放获取数据库GigaDB中公开。 该项目产生的数据是目前已公开水稻序列数据量的四倍。该成果标志着3000株水稻基因组项目第一阶段的完成，主要由中国农业科学院、国际水稻研究
结构基因的侧翼序列的介绍
1、前导区和尾部区 此二区被转录并参与成熟mRNA的组成，但不被翻译，前者位于转录起始点和第一外显子之间，相当于mRNA5’端的非翻译区(5’UT)；后者位于最末外显子和终止子之间，相当于mRNA3’端非翻译区(3'UT)。前导区和尾部区转录后的相应序列在mRNA中起维持mRNA稳定性的
如何设计基因cds序列的pcr引物
提取细胞总RNA然后用试剂盒反转录成cDNA，用cDNA作为模板扩增基因的CDS区，然后想要转染进细胞中。比如MYOD1基因，首先在NCBI找到它的mRNA序列，然后找到它的CDS序列，全部复制下来，在primer5.0中。正向引物直接从CDS的第一个核酸开始（比如18bp），反向引物从CDS最后一
概述酿酒酵母的基因组序列
1996年6月，在国际互联网的公共数据库中公布了酿酒酵母的完整基因组顺序，它被称为遗传学上的里程碑。因为首先，这是人们第一次获得真核生物基因组的完整核苷酸序列；其次，这是人们第一次获得一种易于操作的实验生物系统的完整基因组。 [10] 在酿酒酵母测序计划开始之前，人们通过传统的遗传学方法已确定
万人药物基因组研究项目采用罗氏NimbleGen序列捕获技术
来自美国的药物基因组研究专家将开展一个由一万人参加的药物基因组项目，将参加这个的医疗记录与他们的基因组信息进行关联，这些信息主要包括了84个与药物应答相关的基因情况。 为了获得与药物治疗相关的基因信息，研究人员将利用NimbleGen序列捕获产品，从全基因组DNA中富集这些
胡萝卜基因组序列草图成功绘出
来自美国的一个研究小组称，他们完成了对30余种胡萝卜样品的测序，绘制出了胡萝卜基因组序列草图。这很可能是迄今最完整的蔬菜基因组序列草图。研究人员称，这一研究阐明了胡萝卜的起源和演化过程，对改善胡萝卜和其他农作物的营养价值提供了可能。相关论文在线发表在《自然·遗传学》杂志网站上。 胡萝卜和生菜
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
科学家首次完成蜈蚣基因序列测定
日前，科学家完成了蜈蚣的基因组测序的测定。结果表明，它们的基因数量比人类大约少三分之一。科学家以生活在西北欧沿海的一种常见蜈蚣物种作为测序对象。参与该项研究的106名科学家来自10多个国家和地区。 研究表明，蜈蚣的基因组大小是人类基因组的十分之一，含有的基因数量是人类的三分之二，共1.5万个，
关于断裂基因的调控序列种类介绍
①在5′端转录起始点上游约20～30个核苷酸的地方，有TATA框(TATA box)。TATA框是一个短的核苷酸序列，其碱基顺序为TATAATAAT。TATA框是启动子中的一个顺序，它是RNA聚合酶的重要的接触点，它能够使酶准确地识别转录的起始点并开始转录。当TATA框中的碱基顺序有所改变时，m
－震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！
震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！ 随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低，全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源，但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用，使得基因组数据面临很多问题。 近日，约翰霍
科学家首次发现重度抑郁基因序列
【新闻事件】：本周《自然》发表了一篇重要论文。在分析5303例汉族女性重度抑郁患者和5337名对照的DNA序列后发现两个和重度抑郁相关的基因序列。一个紧靠SIRT1，另一个是LHPP的内含子。这是科学家第一次把重度抑郁和某个基因序列可靠地联系在一起，为以后药物开发打下基础。 【药源解析】：抑郁
白菜甘蓝油菜全基因组序列测定
由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。 研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该
怎么样通过引物序列找目的基因
你先看看你引物序列是什么吧，如果是巢氏PCR的引物，很有可能一部分序列是不在靶基因中的。即使是一般的PCR引物，也可以只有3'端的一部分序列与靶基因匹配即可。如果你想验证，直接合成后PCR，然后测序，验证下是不是得到EGFR序列即可。当然，你也可以根据EGFR基因自己设计引物，这个很容易。
马铃薯基因组序列框架图全球发布
中国科学家的创新性思路助推测序工作提前完成 9月23日，由14国科学家组成的“国际马铃薯基因组测序协作组”分别在北京、阿姆斯特丹、伦敦、纽约、利马等地同时宣布了马铃薯基因组序列框架图的完成。此次公布的马铃薯基因“蓝图”绘制工作的中国参与单位主要来自中国农业科学院蔬菜花卉所和深圳华大基因研究院。
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一
四篇Science文章公布最新基因组序列
小麦是全球最重要的粮食作物之一，提供了20%人类所需的热量。2010年英国科学家宣布他们绘制出了小麦基因组草图，但这一序列并不完整。在7月17日Science杂志上，两个研究组分别公布了Chinese Spring小麦品种的每个染色体臂的基因组序列，以及小麦染色体3B基因组序列，另外两个研究小组
牡蛎全基因组序列图谱绘制完成
牡蛎基因组部分序列及其分析牡蛎基因组计划（OGP）团队成员在深圳华大基因研究院讨论项目中国科学院海洋研究所和深圳华大基因研究院签约仪式牡蛎是产量最大的海水养殖动物 牡蛎养殖 近日，牡蛎基因组计划（Oyster Genome Project，OGP）项目组宣布，
新“基因魔剪”按需敲入长DNA序列
北京11月27日电 据最新一期《自然·生物技术》发表的一项研究，在CRISPR基因编辑系统的基础上，美国麻省理工学院研究人员设计了一种新工具，可以更安全、更高效的方式剪除有缺陷的基因并用新基因替换它们。 使用这个系统，研究人员可将长达36000个DNA碱基对的基因传递给几种类型的人类细胞，以及小
我国获得输入性黄热病毒全基因序列
国家卫计委13日通报，我国确诊一例输入性黄热病病例。今日，记者从中国疾控中心获悉，该中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，获得了输入性黄热病病毒的全基因序列。 据悉，中国疾控中心病毒病预防控制所和北京市疾病预防控制中心合作，在病人血液标本中直接获得了病毒全基因组序列。该病毒基因组全
《Genome－Research》：根据基因组序列预测MRSA毒性
微生物毒力一直是一个复杂的多因素表型，与病原体的进化轨迹有着复杂的关联。毒性，破坏宿主细胞膜和粘附的能力，粘附到人体组织的能力，是许多细菌病原体的主要毒力因子，包括金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。 金黄色葡萄球菌是临床上常见的毒性较强的细菌，自从上世纪40
《科学》：毛发助科学家测定猛犸基因序列
丹麦和美国的科学家近日利用来自俄罗斯冻土带的十头猛犸(Mammuthus primigenius)毛发标本，成功拼凑出了猛犸的线粒体DNA序列。这一成果显示了毛发惊人的抗降解能力，以及它在获得远古DNA片断方面出人意料的有用性。相关论文发表在9月28日的《科学》杂志上。 领导最新研究的是丹麦哥本哈根
史上最全小麦基因组序列图集问世
据最新一期《自然》杂志报道，加拿大萨斯喀彻温大学领导的国际团队在一项对全球小麦生产具有里程碑意义的研究——10+基因组计划中，对代表全球育种计划的15个小麦品种的基因组进行了测序。这将使科学家和育种人员能够更快地识别出具有影响力的基因，从而提高小麦产量、害虫抗性和其他重要的农作物性状。 小麦
中国新型冠状病毒的基因组序列
《自然》杂志2月3日发表了新型冠状病毒的基因组序列（论文：A new coronavirus associated with human respiratory disease in China），病毒样本系从一名曾在最先爆发疫情的海鲜市场工作过的患者体内分离得到。基因组分析显示，该病毒与此前在
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定2
目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等（1977）提出的酶法（双脱氧链终止法）和Maxam（1977）提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭，但这两种方法都同样生成相互独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组核苷酸都有共同的起点，却随机终止于一种（或多种）特定的残基，形成一系列以某一特定核苷酸
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定3
2．利用末端转移酶和α-32P-ddNTP标记DNA的3ˊ-末端 在二价阳离子存在下，末端转移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羟基末端，如果作为底物的核苷酸经过修饰（如ddNTP），则可以在DNA的3ˊ-OH上仅加入一个核苷酸。对于双链DNA片段，亦存在DNA的两侧均被标记问题，可通过上述同
测序技术及DNA序列测定结果分析
实验概要 在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有Sanger等（1977）发明的双脱氧链末端终止法和Maxam和 Gilbert（1977）发明的化学降解法。这二种方法在原理上差异很大，但都是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的
DNA重组（DNA－recombination）技术：DNA序列测定1
㈣ DNA聚合酶 如前所述，选用合适的DNA聚合酶进行测序反应也是保证测序质量的重要因素之一。常用于双脱氧末端终止法测序的有几种不同的酶： 1．大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ大片段（Klenow片段） 此酶是最早用于建立Sanger测序的酶。但通常会有两个问题：①Klenow片段的持续合成能力较
DNA序列分析电泳仪技术参数
电泳仪电源按电压分为高压1500～5000V、中压500～1500V、低压500V以下三种；按电流分为大电流500mA～2000mA、中电流100～500mA、小电流100mA以下三种；按功率分为大功率200～400W、中功率60～200W、小功率60W以下三种。基本参数外形尺寸（L×W×D）：47