湖南地方猪60K单核苷酸多态性芯片开发成功

11月30日，中国工程院院士、湖南农业大学教授印遇龙主持的湖南省创新型省份建设专项“优质湘猪全基因组育种技术研发及新品种（配套系）培育”项目中期检查会在长沙召开。该项目旨在针对目前我国地方猪品种遗传基础和基因资源研究不足问题，系统挖掘地方猪优异特色性状功能基因，开发和优化以基因组选择和杂种优势预测为主的基因组育种技术。

《中国科学报》记者在会上获悉，印遇龙院士团队已完成湖南地方猪60K SNP（即单核苷酸多态性）芯片开发的设计工作。该芯片包含了宁乡猪、沙子岭猪等地方猪的变异位点，可对湖南地方猪进行基因型精准鉴定评估及重要性状基因的挖掘利用，加速实现湖南地方猪从传统的经验育种到定向、高效、精准的分子设计育种和智能育种的转变，对种业提升和乡村振兴战略具有重要意义。

该芯片成功开发有何意义？印遇龙解释说，60K SNP芯片也就是6万个单核苷酸多态性位点的基因芯片。基因控制着生命的基本生命活动，储存着控制猪的肉质性状、生长性状、胴体性状和繁殖性状等生命过程的全部信息。“也就是说，没有这个芯片之前，我们不知道湖南省地方猪品种的某个变异位点在那里，不认识通往猪相关基因位点的‘路标’。有了这个芯片，好比在湖南地方猪遗传物质之‘路’上增加了路标，我们在开展后续种猪全基因组选择育种、改善肉质性状等工作时可以顺着‘路标’进行选择。”

印遇龙补充说，湖南地方猪特异的“路标”越多、越密集，意味着我们对湖南地方猪的了解更透彻，开展猪种育种等工作也就更容易。

当前，我国猪肉市场以瘦肉型猪为主，这也是保障有肉吃的基础。地方猪或地方猪杂交猪种的猪肉有更优良的肉质，也形成了逐渐扩张的优质猪肉小众高端市场，而且规模正在逐渐扩大。市场的细分特性，决定了地方猪育种应与瘦肉型猪育种在育种目标上有差异。

“生猪的遗传机理复杂，传统育种进展缓慢且育种效果不理想，制约了种猪改良进程。”印遇龙表示，利用基因芯片的基因组育种是最新一代的基因组育种新技术，可极大地提高育种效率。目前不少跨国育种公司已将基因组育种作为常规育种手段，但他们没有地方猪资源，其基因组育种只是针对瘦肉型猪的育种，在猪肉产品的多样性方面很欠缺。

印遇龙表示，以前由于技术壁垒、育种意识等原因，国内基因芯片检测市场被国外固相芯片公司垄断，在位点设计、点制固相芯片仪器设备等方面难突破。中国有丰富的地方猪资源，因此，项目组从地方猪受市场欢迎的特色性状着手，充分利用这些性状的基因，设计出适合地方猪特色性状育种的位点，并在一定程度上兼容国外芯片位点，针对芯片点制仪器的限制制备了液相芯片，规避了国外芯片点制仪器的限制，不需要点制就能检测。

除了上述芯片的开发工作外，该项目在新品种培育方面也取得重大进展。其中，以巴克夏猪为父本和宁乡猪为母本杂交生产的商品猪广受市场好评，相关企业已推广销售十余万头，目前正以此为基础开展新品种培育工作。

同时，项目组以杜洛克猪为父本、湘西黑猪为母本，通过杂交创新、横交固定和继代选育，采用BLUP法与全基因组关联分析相结合的现代育种技术育成了广益黑猪，目前已完成十个世代的选育。广益黑猪体型外貌一致性好、生长较快、瘦肉率较高、肉质佳风味好，主要经济技术指标超过原定选育目标，2023年将向国家畜禽遗传资源委员会提请新品种审定。

该项目组以巴克夏猪为父本、沙子岭猪为母本培育的湘岭猪已选育到第三个世代，以巴克夏猪为父本、湘村黑猪为母本培育的湘村黑猪壹号新品系已选育到第五个世代。

此外，该项目组通过乌金猪、滇南小耳猪和撒坝猪的重测序，开发了云南优质猪专属基因育种液相芯片；以滇南小耳猪、巴克夏猪、杜洛克猪等猪种为育种素材，通过杂交筛选最优杂交组合，进行横交固定、群体继代选育，培育了澜沧黑猪新品种；在同等营养水平条件下, 测定了杜巴滇、杜滇、滇杜太和滇杜杜太4个杂交组合共100头猪的肥育性能，结果表明杜巴滇组合的肥育和胴体性能明显优于杜滇、滇杜太、滇杜杜太三个组合，且肉质优良，具有良好的推广价值。