lncRNA在农业领域的研究成果（三）

【结论】

①通过lncRNA测序，在上万条白菜中候选的lncRNA中挑出了1,300余条与花粉授粉相关的lncRNAs。分析结果显示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整个发育过程中持续表达，其余的部分为阶段、部位特异性表达。lncRNA在白菜不同发育阶段花蕾种的表达呈现出较明显的差异，在V级花蕾中特异表达的lncRNA均最多；

②授粉受精的过程中具有众多LncRNA的表达，与未授粉对照相比，在授粉后3h即花粉管在花柱道中生长时lncRNA的表达最多；由此可以为鉴定与授粉受精过程密切相关的lncRNA。

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【彩蛋时刻】LncRNA相关数据库的介绍

1.TAIR（专门的拟南芥数据库）

TAIR(TheArabidopsisInformationResource)是拟南芥基因专门的数据库，是对模式生物拟南芥进行各类生物学研究很重要的一个信息来源。TAIR中详细记录了拟南芥的基因组图谱、各种基因的序列、结构、表达模式、功能注释及详尽的各种代谢途径，同时还包括了拟南芥种子库。在最新版的TAIR数据库中记录了拟南芥478条lncRNA的信息，但数据库并没有对这些记录在案的lncRNA进行功能注释。

2.PLncDB（目前较为全面的植物lncRNA数据库）

PLncDB(Plantlongnon-codingRNAdatabase)是目前唯一公开发表的植物lncRNA专用数据库，也是目前较为全面的植物lncRNA查询数据库。该数据库收集了EST分析、RepTAS分析、芯片、RNA-seq分析及TAIR中发现的16,227个拟南芥lncRNA的信息，记载了植物在不同组织、发育阶段、突变体和应激处理条件下这些lncRNA的表达特性，这个数据库的特点为：(1)从很多植物资源中收集到大量基因组中lncRNA的信息 (2)植物lncRNA的在线浏览及搜索平台 (3)多种样品的转录组信息融合，包括了不同组织，突变，环境胁迫，发育阶段等 (4)一系列表观修饰和小RNA数据 (5)下载浏览免费。

3.lncRNAdb(lncRNAsDatabase)常用的多物种lncRNA数据库

lncRNAdb(lncRNAsDatabase)数据库是非常常用的“多功能数据库”，其中记载了lncRNA的序列及结构特征、进化保守性、表达、基因组序列、亚细胞定位、功能证据和文献链接等其他相关信息，就植物方面，包括了拟南芥、水稻、大豆、苜蓿、葡萄、西红柿和杨树共计16个物种lncRNA表达情况和可能的功能等相关信息。

4.GENCODE（人鼠lncRNA数据库）

此数据库主要是详细记载了人和鼠相关的lncRNA，包括其序列，结构，功能，表达，保守型等。

5.NONCODE，人类动植物的non-codeRNA数据库，整合其他数据库及注释。