棉花是重要的经济作物,也是纺织工业的主导原料,在世界及我国国民经济中占重要地位。随着植物基因组计划的不断发展,对作物进行分子设计和基因工程改良是21世纪植物科学领域中的重要课题。目前,国内外研究人员在棉花遗传育种工作中取得了一定的进展。
五月二十四日,南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室、教育部杂交棉创制工程研究中心一项棉花遗传育种研究成果,刊登在国际知名期刊《Genome Biology》,题为“Sequence-based ultra-dense genetic and physical maps reveal structural variations of allopolyploid cotton genomes”。在这项研究中,研究人员利用新一代测序和SNP基因分型方法,构建了四倍体棉花的高密度遗传图谱,并表征了四倍体棉花基因组的结构变异。延伸阅读:权威期刊发布首个小麦单体型图谱。
本论文通讯作者张天真教授,现任南京农业大学农学院副院长,“作物遗传与种质创新”国家重点实验室主任。其1992年在南京农大获遗传育种专业博士学位,曾在德国、美国从事博士后研究和高级访问学者,主要从事棉花基因组研究,曾获2003年国家科技进步二等奖。拥有国家授权ZL4项。成功选育出南农系列转基因抗虫杂交棉和高优势杂交种,并在长江流域1500万亩棉区推广,产生经济效益30多亿元。在国际植物育种杂志Euphytica、Plant Breeding、美国的Crop Science以及国内核心刊物上发表作物遗传育种论文80多篇。
SNPs(单核苷酸多态性)是最丰富的多态性类型,并已在许多作物基因组研究中进行过不断的探索,包括水稻和玉米。由于其复杂性和多倍体,异源四倍体棉花基因组的SNP研究,已经落后于其他作物。在这项研究中,研究人员采用新一代测序和有效的SNP基因分型方法,检测了多倍体棉花全基因组SNP,并用来构建连锁图谱和表征基因组的结构变化。
该研究小组构建了一幅高密度种间遗传图谱,包括4,999,048个SNP位点,不均匀地分布在26个异源四倍体棉花连锁群中,覆盖4,042 cM。研究小组通过对照组装草图序列和遗传图谱,在棉花基因组中确定了重组率和突变热点。利用这一图谱,研究人员通过将公共可用的雷蒙德氏棉(G. raimondii)基因组信息与荧光原位杂交分析相结合,确定了四倍体棉花的基因组重排和着丝粒区域。
总而言之,这项研究报道了测序后基因分型法,用来确定陆地棉(G. hirsutum)和海岛棉(G. barbadense)之间上百万个SNPs。研究人员构建并利用一幅高密度SNP图谱,来纠正序列错误组装,将scaffolds合并成与染色体一致的pseudomolecules,检测基因组重排,并确定异源四倍体棉花中的着丝粒区域。
该研究发现,四倍体棉花的着丝粒逆转录因子序列,来源于D亚基因组祖先,可能在异源四倍体形成之后侵入了A亚基因组着丝粒。本研究对于棉花的遗传研究和育种,提供了一份宝贵的基因组资源。
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