2011年11月17日，第一届蛋白质组学研讨会在中国医学科学院基础医学研究所成功召开，本次研讨会是由中国医学科学院基础医学研究所主办，赛默飞世尔科技公司（ThermoFisher Scientific）合办和赞助，分析测试百科网（www.antpedia.com）协办，主题是：蛋白质组学在生物医学中的应用。来自各大科研院所的专家共300余人参加了研讨会。
研讨会邀请了程书钧院士、徐平研究员等8位国内蛋白质组学及疾病研究领域著名的学者，做了关于蛋白质组学和生物医学相关的精彩报告。学者们综述了在肿瘤、癌症相关的蛋白质组学研究方面的进展；从基因到蛋白质组研究的各种方法学进展；提出了蛋白质组学从研究走向应用的挑战；并介绍了自己的研究思路和成果。每位报告人的报告都精彩并且精练，给与会者提供了充分的提问时间，整个研讨会满溢浓郁的学术气氛。
研讨会会场
研讨会会场
中国科学院医科院科技管理处 潘宣处长
中国医学科学院科技管理处的潘宣处长在会上致开幕辞。
潘处长首先对各位专家的到来表示欢迎，接下来谈到：众所周知，蛋白质是所有生命现象的执行者，因此，蛋白质在人体中有着非常重要的作用。上个世纪，人类基因组计划的实施，为蛋白质组学的研究提供了有力的技术支撑，从二十世纪开始，蛋白质组学有了飞速的发展。中国医学科学院在2002年联合北京的几家单位共同创建了蛋白质组学研究中心，近年来，蛋白质组学研究中心在蛋白质组特别是蛋白质预警、诊断标识物、蛋白质法典等方面做了大量的工作。今天，借此研讨会对我们前段时间的工作和大家进行交流和讨论，希望通过本次交流，为中国医学科学院甚至全国从事蛋白质组研究的人员提供一个很好的交流平台。最后，潘处长预祝本次研讨会成功，潘处长还表示，祝愿中国医学科学院蛋白质组研究中心的研究取得更大的成就。
中国科学院医科院基础仪器中心 郑直主任
中国科学院医科院基础仪器中心的郑直主任为大家介绍了中国医学科学院蛋白质组学研究中心的情况。
中国医学科学院蛋白质组研究中心是国内较早开始蛋白质组研究的单位之一。早在2002年就成立了中国医学科学院蛋白质组学研究中心并建在亦庄，挂靠在医科院基础医学研究所，当时的郑德先所长任主任，并且与美国波士顿地区的相关专家展开合作。
早在成立之初的2002年，中心就拥有当时世界上最先进的几台质谱仪，包括美国Thermo公司的LCQ 液质联用仪、美国ABI公司的激光辅助基质解吸飞行时间质谱仪等。 此外，还拥有当时世界上最先进的二维凝胶电泳技术和二维液相色谱技术等硬件系统。
利用这批先进的设备，中心开展了一系列富有成果的研究工作。包括肿瘤标记物的发现、人类尿蛋白质组学的研究等等，发表在《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics, MCP）等世界主流蛋白质组学杂志上。对人类尿蛋白质组表达谱和糖基化修饰谱的研究是当时国内的首创。蛋白质组学中心还先后开发了具有自主知识产权的AMASS数据分析软件和微波辅助样品处理技术。
2007年，为了更好地发展蛋白质组学中心，蛋白质组学研究中心搬回了基础所所内，由基础所仪器中心辅助管理。2008以来，随着国家对基础科学在仪器设备方面的资助，实现了蛋白质组研究中心的仪器更新换代。接下来，郑主任详细介绍了目前中心拥有的先进系统。质谱包括布鲁克·道尔顿公司的UltraflexExtreme MALDI TOF/TOF基质辅助激光解吸串联飞行时间质谱仪，美国赛默飞世尔公司的LTQ 线性离子阱质谱仪及Orbitrap Velos 轨道阱质谱仪，AB SCIEX公司的5600 Triple TOF四极杆飞行时间质谱仪，布鲁克·道尔顿公司的9.4 Tesla APEX FT ICR磁回旋共振质谱仪，MassArray DNA分析系统、PE新生儿筛查系统等。此外，还拥有2D-DIGE荧光差异双向凝胶电泳、Biacore 生物分子相互作用分析仪、Luninex 200 液态悬浮芯片系统等等。
前沿Lab：中国医学科学院基础医学研究所质谱中心
接下来，郑德先教授和郑直主任分别主持了上午和下午的学术报告，几位报告人分别做了精彩的学术报告，分别如下：
肿廇-分子网络疾病与蛋白质组研究思考
报告人：中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所程书钧院士
Is Current Technology Ready for Complete Proteomics Study?
报告人：北京蛋白质组学研究中心徐平研究员
MicroRNA meets proteomics
报告人：中国医学科学院基础医学研究所 彭小忠研究员
组蛋白翻译后修饰研究进展
报告人：中国科学院生物物理所 杨福全研究员
Q Exactive-蛋白组学研究的综合平台
报告人：赛默飞世尔科技公司 李静应用工程师
糖肽富集新方法及糖链结构分析
报告人：中国医学科学院基础医学研究所 李智立研究员
自闭症谱系障碍-瑞氏综合症蛋白MeCP2复合物以及MeCP2磷酸化在调节MeCP2功能的研究
报告人：中国医学科学院药用植物研究所 胡克平研究员
PTTG基因促进食管癌转移的机制探讨
报告人：中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所 徐宁志研究员
肿瘤标志物的蛋白质组学研究
报告人：中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所 赵晓航研究员
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