发布时间:2012-03-20 11:33 原文链接: 大气所大气环流模式SAMIL3完成万核测试试验

  近日,中国科学院大气物理研究所(IAP)大气科学与地球流体力学数值模拟国家重点实验室(LASG)发展的高分辨率大气环流模式SAMIL3,在国家超级计算(天津)中心的“天河一号”超级计算机上,成功进行了全球12.5公里和6公里分辨率万核计算规模的性能测试。结果表明,SAMIL3具有优越的并行计算性能和并行I/O性能。这是我国见诸报道的首次利用三维大气环流模式AGCM成功进行的万核测试试验。

  SAMIL3是IAP/LASG地球系统模式研发团队最新发展的高分辨率大气环流模式。SAMIL3动力框架可以选择谱方法(Wu et al., 1996)和有限体积方法(Lin, 1996),两种方法使用同一套物理过程参数化方案。SAMIL3模式可以灵活使用200km,100km,50km,25km,12.5km,6.25km水平分辨率,垂直方向取26层。通过大量标准动力框架理想试验和标准水球试验,SAMIL3在不同分辨率下都有良好的稳定性和模拟效果。为了进一步测试模式的计算性能和I/O性能,SAMIL3研发团队将SAMIL3水球试验版本移植到“天河一号”超级计算机上进行大规模高分辨率性能测试。

  水球试验是指将完整大气环流模式应用在完全被海洋覆盖的地球上所进行的理想化实验。水球试验设计中没有陆地,没有海冰。全球海温是给定的,从赤道向两极递减的理想分布。太阳常数为1365W/m2,太阳辐射没有季节变化。臭氧没有纬向变化,关于赤道南北对称。CO2,CH4,N2O等气体取常数,没有影响辐射效应的气溶胶。

  模式计算性能测试结果(图1)显示,在千核以下并行计算规模,SAMIL3具有非常优越的计算性能,相对并行算法效率在1.0-1.12之间。当并行计算规模增加到千核以上时,SAMIL3的优越计算性能依然能够保持,相对并行算法效率大于1.0。在3456核(12.5公里)和6144核(6.25公里)以上,SAMIL3的计算性能开始下降。在6144核(12.5公里)和13824核(6.25公里),SAMIL3的相对并行算法效率分别只有0.66和0.52。这说明SAMIL3在3456核(12.5公里)和6144核(6.25公里)以下,模式能够保持优越的并行计算性能,模式运行速度最快可达1.5年(12.5公里分辨率)和3.5个月(6.25公里分辨率)每墙钟时间一天。

  在模式I/O性能测试中,在全球12.5公里分辨率下每个模式积分时间步输出u,v,q,t,ps五个变量场,其中u,v,q,t是三维变量,ps是二维变量。测试结果如图2所示,没有I/O节点时,I/O模块不占用任何计算时间,因此模式I/O效率达到100%。当只有6个I/O节点时,模式I/O效率可以达到80%以上。随着I/O节点的增加,模式I/O效率逐渐上升。当每个核都有参与I/O时(1536核),模式I/O效率接近100%,即I/O过程不影响模式计算速度。在“天河”上大规模并行I/O测试结果表明,SAMIL3并行I/O模块具有优越的性能。

  高分辨率气候模式的研发是当今气候模拟研究领域国际竞争的前沿。高分辨SAMIL3模式在“天河”超级计算机上成功进行万核测试,标志着中科院发展的气候模式有能力参与高分辨率模式研发领域的国际竞争。SAMIL3万核测试试验的成功,与此前IAP/LASG大洋环流模式LICOM在“天河”计算机上成功进行10km分辨率的千核测试试验一道,为发展超高分辨率的中科院气候系统模式奠定了扎实基础。

  SAMIL3水球试验在不同水平分辨率下的初步模拟效果请见:http://www.lasg.ac.cn/FGOALS/qbao/zlj/

图1  SAMIL3在“天河一号”超级计算机上测试得到的模式速度,单位:模式年(月)/墙钟天。(a)12.5公里分辨率,蓝色圆点标记从左往右分别对应216,4,864,1536,3456,6144核;(b)6.25公里分辨率,蓝色圆点标记从左往右分别对应1536,3456,6144,13824核。蓝色实线是实际模式时间,红色虚线是理想模式时间。圆点标记数值表示相对并行算法效率(加速比=串行执行时间/并行执行时间,并行算法效率=加速比/核数,第n点相对并行算法效率=第n点并行算法效率/第1点并行算法效率)。

 

图2 SAMIL3 12.5公里分辨率在“天河一号”超级计算机上使用1536核测试得到的模式I/O效率(模式I/O效率=无I/O试验的模式运行时间/有I/O的试验的模式时间),单位:%。

相关文章

PNAS:利用超级计算机揭示HIV1衣壳上的漏洞

关于HIV-1病毒如何感染我们的细胞,仍有许多东西有待发现。科学家们知道,它避开了我们免疫系统的防御,进入白细胞以递送它的基因负荷(geneticpayload)并劫持细胞的转录复合物,进而产生病毒R......

中科大实现全球公里尺度大气数值模拟

近日,中国科学技术大学在新一代神威超级计算机上,首次实现了长达7天的全球3公里空间分辨率大气物理-化学全耦合数值模拟试验,或将显著改善极端天气事件预报的准确性。近年来,频繁发生的极端和高影响天气及空气......

超级计算机预测六夸克粒子存在

新预测的六夸克粒子的艺术图。图片来源:物理学家组织网日本理化学研究所(RIKEN)的科学家在最新一期《物理评论快报》杂志撰文称,他们利用超级计算机,预测了一种由六个夸克组成的奇异粒子的存在,最新研究有......

国际团队开发的黑洞喷流计算机模型结果支持广义相对论

英国伦敦大学学院(UCL)发布消息称,中英美国际团队开发的M87黑洞喷流的计算机模型计算结果与天文学家观测结果相匹配,为广义相对论提供了新的支持。M87超大质量黑洞位于距离地球5500万光年的梅西耶8......

聚变堆全装置动理学等离子体演化模拟首次实现

近期,中国科学技术大学在新一代神威超级计算机上首次实现EAST(先进实验超导托卡马克)和CFETR(中国聚变工程试验堆)“聚变堆全装置动理学等离子体演化模拟”,这是该校首次作为第一完成单位入围被称为“......

国际团队开发的黑洞喷流计算机模型结果支持广义相对论

英国伦敦大学学院(UCL)发布消息称,中英美国际团队开发的M87黑洞喷流的计算机模型计算结果与天文学家观测结果相匹配,为广义相对论提供了新的支持。M87超大质量黑洞位于距离地球5500万光年的梅西耶8......

日本“富岳”在四项超级计算机世界排名中实现“四连冠”

全球超算榜单由专家组成的国际会议每半年公布一次,近日,最新的全球超级计算机性能排行榜揭晓。据日本广播协会(NHK)16日报道,放置于日本神户市理化学研究所的超级计算机“富岳”在4个性能评比单元连续4次......

首次实现量子计算机模拟重子模拟理解宇宙的重要一步

据物理学家组织网11月11日报道,加拿大和英国科学家首次在量子计算机上模拟了基本量子粒子——重子,最新研究使科学家能借助量子模拟研究中子星,了解更多宇宙早期的情况,并发掘量子计算机更多革命性的潜力。加......

“天河”E级验证系统摘得图计算领域两项桂冠

由国防科技大学研制,部署在该中心的“天河”E级(百亿亿次)计算机关键技术验证系统,在7月1日发布的国际Graph500排名中,获得SSSPGraph500(单源最短路径)榜单世界第一和BIGDataG......

电化学性能测试方法有哪些

电化学测试技术是材料科学研究的重要手段之一,广泛应用于二次电池、电镀、金属腐蚀与防护等领域,比如电池正、负极材料的电化学性能优化、电镀镀层的生成及机理、金属及其表面涂层在常温水溶液或高温熔盐介质中的腐......