它的原理是细菌在繁殖过程中可合成并释放某些特异性酶，按酶的特性，选用相应的底物和指示剂将这些其配制在相关的选择性培养基中，根据细菌培养后培基的颜色变化，确定待分离的可疑菌株。这种技术是将传统的细菌分离与生化反应有机的结合起来，这样有助于细菌的快速鉴定。
主要应用:
（1）沙门菌鉴别
沙门菌属的细菌它都产生辛酯酶，这一特性是肠杆菌科其他属细菌所不具备的。因此，可以用来鉴别沙门菌。
国际上Manafi等采用意大利的Biolife公司的试剂来进行沙门菌检测。我们国家商检局采用4-MUCAP试剂快速检测。
（2）B群链球菌的鉴别
Rosa等将样本直接接种于Granda培养基，经过18小时培养后，B群链球菌的菌落呈红色，并且可抑制其他菌的生长。
（3）大肠埃希菌的鉴别
Delise等新合成一种羟基吲哚-β-D 葡萄糖甘酸（IBDG），在β-D 葡萄糖苷酶的作用下，生成不溶性的靛蓝，将一定量的IBDG加入到麦康凯培养基琼脂中制成MAC-IBDG平板， 35℃ 培养18小时，出现深蓝色菌落者为大肠埃希菌阳性株。其色彩独特，且靛蓝不易扩散，易与乳糖发酵菌株区别。
（4）单增李斯特菌的鉴别
Clark等用DL-丙氨酸-萘胺和D-丙氨酸-对-硝基苯胺检测单增李斯特氏菌的丙氨酸氨基肽酶，仅需要4个小时就可以把它与其他李斯特菌鉴别开来。李斯特菌属里面主要是有五种菌，其中单增李斯特菌是唯一的对人致病的菌株。