一、分类
细菌属于原核细胞型微生物。
最精确的方法为遗传学分类方法。
最常用的是经典传统分类法：按照细菌的亲缘关系，界门纲目科属种型株分类。
科：由共同关系的属组成，如肠杆菌科；
属：是种的高一级分类单位，通常包含有共同特征或关系密切的种，用以描述微生物的主要特征，如埃希氏菌属；
种：是分类等级的基本单位，同一种微生物形态、生理学特征和组成成分基本相同，用以描述微生物的次要特征，如大肠埃希氏菌；
菌株或品系：同一种微生物中不同来源的纯培养物，如大肠埃希氏菌CGMCC 1.3373。
二、细菌形态学及形态学检查法
细菌形态结构主要指细菌的大小、形状、排列及超微结构。细菌结构与其生理功能、致病性、免疫性有关。
2.1 形态结构
2.1.1 基本形态3类：球菌、杆菌、螺旋菌，杆菌是最常见的形态。
2.1.2 大小
测量细菌大小的单位为微米μm。球菌以直径表示大小，杆菌以长与宽表示大小，同一种细菌在不同情况下大小形态也有差别：涂片干燥、固定、染色时细菌收缩；快速生长的球菌往往呈短杆状。
菌龄与细菌大小的关系受许多因素影响，主要与代谢废物的积累及培养基中渗透压上升等因素有关。
2.1.3 结构
基本结构：细胞壁、细胞膜、细胞质、核质；
特殊结构：鞭毛、菌毛、荚膜、芽孢等。
菌毛是什么？
菌毛（Pilus）许多革兰氏阴性菌菌体表面遍布的比鞭毛更为细、短、直、硬、多的丝状蛋白附属器，也叫做纤毛（Fimbriae)。其化学组成是菌毛蛋白（Pilin），菌毛与运动无关。菌毛可分为普通菌毛(Commonpilus)和性菌毛(Sexpilus)两种。普通菌毛长0.3～1.0um,直径7nm。具有粘着细胞（红细胞、上皮细胞）和定居各种细胞表面的能力，它与某些细菌的致病性有关。无菌毛的细菌则易被粘膜细胞的纤毛运动、肠蠕动或尿液冲洗而被排除，失去菌毛，致病力亦随之丧失。性菌毛 有的细菌还有1～4根较长的性菌毛，比普通菌毛而粗，中空呈管状。性菌毛由质粒携带的一种致育因子（Ferility factor）的基因编码，故性菌毛又称F菌毛。带有性菌毛的细菌称为F+菌或雄性菌，无性菌毛的细菌称为F-菌或雌性菌。F+菌体内的质粒或染色体DNA可通过中空的性菌毛进入F-菌体内，这个过程称为接合（conjugation）。细菌的毒性及耐药性等性状可通过此方式传递，这是某些肠道杆菌容易产生耐药性的原因之一。
2.2 形态学检查法
分为不染色标本检查法和染色标本检查法。
不染色标本检查法：依靠普通显微镜，虽可观察细菌大小、形态，但主要用于观察细菌的动力。
观察细菌有动力时，应选用新鲜的幼龄培养物（对数期），并在20℃以上室温中进行，同时应掌握区别细菌真正运动与溶胶的布朗运动。常用的方法有压滴法、悬滴法、暗视野映光法等。
染色标本检验法：分为单染色法、复染色法、特殊染色法。
观察细菌菌毛应使用鞭毛染色法。
细菌学中最常用的鉴别染色法是革兰氏染色法。
基本步骤为：涂片→干燥→固定→染色
革兰氏染色的结果与培养基成分、培养条件及操作技术等有着密切关系。酒精脱色为关键步骤。
三、细菌生理学
3.1