1、为保持仪器表面清洁，可用洗涤剂稀释后用干净的纱布浸湿后擦拭，再用干净湿纱布擦洗。
2、仪器中的透镜应保持清洁，如发现不洁现象，可用脱脂棉蘸乙醇和乙醚的混合液拧干后擦拭。(混合液为：30％乙醇和70％乙醚)
3、原子化室内容易受酸气和盐类的侵蚀，因此透镜前帽盖和原子化器上会有白色沉淀物形成的斑点，可用干净的纱布擦拭，以保持清洁。
4、原子荧光光谱法是一种痕量和超痕量分析方法。因此，在测定较高含量样品时，应预先稀释后进行测定，如不慎遇到极高含量时(特别是Hg)则管路系统将受到严重 污染。
处理方法可将载流／样品进样管放入10％HCl(V／V)溶液中，启动蠕动泵不断 进行清洗，如仍然难以清洗干净时，则需更换聚四氟乙稀管路，一般情况下，均可得明显改善，如仍有残余难以清除情况下，则需对石英炉管情况，按照说明书将石英炉管拆下，用20—30％王水浸泡24小时左右。然后再用去离子水清洗干净，晾干或置于烘箱内烘干后使用。
5、更换点火的电炉丝要按照说明书要求，将备有专用的炉丝换上即可，不可将炉丝剪短，否则阻值发生变化，与输人电压不能匹配。
6、应注意空心阴极灯前端石英玻璃窗清洁，不能用手触摸，如发现不洁现象应采用上述第二条中使用混合液进行擦试干净。