毛细管电泳色谱仪简称毛细管电泳仪（CE），是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，是分析科学继液相色谱仪之后的又一重大进展，使分析科学从微升级进入到了纳升级水平，不仅使单细胞乃至单分子分析成为可能，也使蛋白质和核酸等生物大分子分析有了新的转机。
基因突变分析是遗传性疾病基因诊断和致病基因分离鉴定的基础，突变是一个或多个脱氧核糖核苷酸的构成、复制或表形功能的异常变化，即遗传物质结构改变引起遗传信息改变。随着对疾病病因和发病机制研究的不断深入，人类对疾病的认识逐渐深入到基因诊断的水平，传统技术多用琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离野生型DNA分子和突变DNA分子，但费时、费力，不适合自动化，而CE可快速获得基因突变模式的信息。基因突变分析主要分为未知基因突变分析和已知基因突变分析，在实际应用中，许多检测未知基因突变的方法也可用于检测已知基因突变。
CE用于基因突变分析的方法有单链构象多态性分析、限制片段长度多态性分析、异双聚体DNA多态性分析、双脱氧指纹谱图分析和毛细管电泳分子信标技术等。
一、毛细管电泳－单链构象多态性分析：
单链构象多态性分析检测基因突变的原理是将DNA变性形成单链，由于核苷酸不同而形成不同的二级空间构象。在毛细管电泳－单链构象多态性分析中，迁移速度主要取决于其二级空间构象，不同单链的DNA的迁移速度不同。如果基因的某些位点发生碱基突变，会引起单链DNA二级空间构象的改变，可在一定介质中用CE检测突变的基因。毛细管电泳－单链构象多态性分析与平板凝胶电泳相比，在分离速度和分辨率等方面具有明显的优势，是一种快速、简便检测基因突变的技术，适用于未知突变基因的筛选。
二、聚合酶链反应－限制片段长度多态性分析：
基因突变常引起某一区域限制性内切酶的酶切位点消失或因突变产生新的酶切位点。用适当的酶进行酶切时，突变基因产生与正常基因长度不同的片段，用CE分离时会产生代表不同片段长度的峰。适用于某个已知固定位点基因突变的检测。
三、异双聚体DNA多态性分析：
异双聚体DNA多态性分析是利用构象多态性引起电泳迁移速度改变，检测DNA非限制性位点突变，可快速、地筛选突变基因，整个分析时间不超过30min。
四、双脱氧指纹谱图分析：
双脱氧指纹谱图分析是将双脱氧核苷酸测序和单链构象多态性分析相结合的分析方法。
五、毛细管电泳分子信标技术：
毛细管电泳分子信标技术可对核酸进行实时检测，也可用于活体内核酸的动态检测。