带你认识强大的基因表达专家——GeneSpring

GeneSpring是一款广受好评的基因组学工作人员必知软件 ，使用者可在短时间内分析运算出目的基因的序列，称得上系统生物学分析软件中的佼佼者，受到相关科研工作者的欢迎和肯定。本文对GeneSpring GX的优势做详细分析。

GeneSpring生物数据分析软件

GeneSpring GX是一套特别针对生物学家需求所精心设计的生物芯片数据分析软件 。它提供多种便捷的统计学工具, 拥有强大的图形显示和数据分析能力。通过GeneSpring GX互动式的视窗操作界面, 用户可以有效地将芯片数据与其生物学意义进行整合, 从而实现快速找到基因表达调控相关对象的最终目标作为表达谱数据分析的金标准，GeneSpring GX目前已经拥有超过4400篇的高水平参考文献的引用。

支持最新的miRNA 应用研究

GeneSpring GX为用户提供了对包括基因表达谱，内含子选择性剪接以及最新的miRNA表达谱等应用研究的全面支持。GeneSpring GX不仅可以为用户提供多种统计学工具对miRNA表达谱数据进行分析，而且还整合独有的TargetScan功能可以对miRNA表达发生变化后所引起的后续生物学结果进行准确预测。除此此外，用户还可以通过GeneSpring GX对qPCR 数据进行分析。

阶梯式的数据管理模式

GeneSpring GX可以根据用户不同的研究课题建立目录对实验数据进行分类管理。这种阶梯式的数据管理模式可以帮助用户方便快捷地对同一研究课题中，不同批次的实验结果进行直接比较和整合分析。除此之外，GeneSpring GX对数据分析过程中的每一步操作也自动保存，因此在极大程度上方便了用户对复杂生物学数据的个性化管理。

直观的图形显示

GeneSpring GX拥有强大的图形功能，可以帮助用户从不同角度获得数据信息，并且创建各种类型的图形图表，从而有效地传递数据中包含的生物学信息。GeneSpring GX支持包括tiff、jpeg、png、bmp在内多种图像格式的输出。GeneSpring GX提供的可视化工具包括：3D散点图(3D scatter plot)，直方图(Histogram plot)，火山图(Volcano plots)，Box-Whisker图(Box-Whisker plot)，矩阵图(Matrix plot)，Venn图(Venn diagram)和热图(Heatmap)等。

数据分析的工作流模式

GeneSpring GX为用户提供了多种针对不同数据来源所精心设计，并且适用于常规数据分析任务所需的工作流模式。比如，针对安捷伦公司的芯片数据，GeneSpring GX设计的工作流模式会应用Feature Extraction所包含的质量控制参数来对芯片的数据质量进行评估。除工作流模式之外，GeneSpring GX也为用户提供了数据分析的高级模式。用户可以根据自己的需求，灵活地对各项分析参数进行相应的调整。

数据归一化和转换方法

在实际操作中，即使用户严格控制实验条件和规范操作，仍然不可能完全避免因为实验不确定因素所导致的数据偏差。GeneSpring GX提供一系列的数据归一化和转换方法，帮助用户有效去除不同实验间的非生物学差异以保证数据的准确性。

检验基因差异表达的统计学工具

GeneSpring GX为用户提供了多种功能强大的可以用于检验基因差异表达的统计学工具，包括T检验(T-tests)以及单因素和多因素方差分析(One-way and multi-way ANOVA ANOVA)等。

聚类分析和样本类别预测

GeneSpring GX为用户提供了多种可以用于在表达谱数据中寻找共性和特征规律的分析工具。样本主成分分析法(PCA)可以将分散在一组变量上的信息集中到某几个主成分上，从而达到数据降维的作用。

其它包括K-均值聚类分析(K-means)、系统聚类分析(Hierarchical)以及自组织映射聚类分析(Self-organizing maps)在内的聚类算法，可以基于表达谱数据的相似性，对不同实验组别或是样本数据进行分类研究。

GeneSpring GX 10中的样本类别预测工具(Support Vector Machines, Neural Network,Naïve Bayesian和Decision Tree)可以帮助用户快速分析大量的表达谱数据，并且从中找出可能和疾病表型或者其它特征相关的基因标识。

数据的生物学意义解析

对表达谱数据进行分析的目标就是要从那些具有统计学意义的数据结果中找出与其关联的生物学意义。GeneSpring GX不仅可以帮助用户分析单个基因的表达数据，而且提供多种工具来帮助用户从多个视角对实验数据中所提示出的分子代谢通路、分子功能以及可能的表达调控机制进行深度解析。GeneSpring GX提供以下生物学辅助解析工具：

最新基因注解更新(支持从NCBI,安捷伦公司和eArray网站在线或是直接通过用户提供的text文档进行更新)

Gene Ontology (GO) 富集化分析

基因组分析和基因组富集化分析(Gene and gene set enrichment analysis)

通过GO 浏览器观看基因的主要功能分类

对目的基因进行GO分析

代谢通路分析

GeneSpring GX支持Biopax通路交换格式的导入和观看

查找与目的代谢通路相似的其它代谢通路

建立不同分子间的相互作用关系及其它模型

Ingenuity Pathway Analysis (IPA)整合工具

卓越的数据兼容性

GeneSpring GX是开放式的数据分析软件，目前支持包括安捷伦公司，Affymetrix公司，Illumina公司等不同芯片平台所产生的数据。GeneSpring GX 10还可以帮助用户轻松实现跨芯片平台的数据比较和整合。