大型发酵罐在使用过程中必须认真考虑如何才能符合可验证的清洁除菌要求。所以在规划时必须考虑到的很重要的一点就是如何能够将无需拆卸的、自动的、就地清洁除菌系统（也叫CIP系统）设计到生产运行中。清洁除菌系统所需的流量和压力取决于发酵罐的喷淋装置和管线尺寸所决定的。静止喷头是最常用的喷淋装置；但是，为了对付较重的来料，一些旋转撞击喷淋装置也会被采用。多数标准的酵罐会有标准的喷淋装置和连接管道机所需CIP的流量和压力数据。
在采用CIP系统时，首先需要考虑的就是酒生产工艺和生产空间而言，是采用便携式还是采用固定式的CIP系统。固定CIP系统可以有一个或两个储液罐的设计。如果运行速度更重的，具采用两个储液罐（一个溶液罐和一个漂洗罐）的系统将比采用一个储液罐的系统更好。而尽管只有一个储液罐，移动式的CIP系统则不需要固定管线可以使用软管连接。所有的CIP系统需要一个或两个水源。一般而言，预漂洗和化学清洁剂无需使用纯水，但最后冲洗系统的水必须用纯水（去离子水或注射用水）。
大型发酵罐CIP系统通常使用两种加热方式：
如果生产车间只有常温水可用或如果有需要加热的面积很大，一般会使用生产车间的蒸汽并通过无菌热交换器间接加热。
电子加热设备。如果生产车间可提供60℃或更高温度的水源，电加热设备可以有效地提高和保持热量。电加热设备通常为便携式CIP系统所采用，这样可以避免连接蒸汽管道的麻烦。
由于CIP系统常常使用气动阀门和气动化工泵等装置，所以生产车间需要提供压缩空气。压缩空气应能提供在100 PSI的气压下每分钟20立方英尺（CFM）得空气流量。
大型发酵罐CIP系统也必须配备适当实用的废水排放系统，该废水排放系统要能满足等于CIP最高的循环流速（某些专门设计也许不受此限制） 和pH0-14及80℃高温的废液排放要求。
