3、数据分析
标准分析：
（1）DNA甲基化富集峰的识别
通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p <= 1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上显著的甲基化区。
注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率。
（2）DNA甲基化区域富集峰的注释
富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。
（3）DNA甲基化富集峰区域的在基因中的分布
（4）差异DNA甲基化区域的鉴定（DMRs）与注释
云序生物使用diffReps软件进行差异甲基化区（differentially methylated regions，DMRs）鉴定。默认p-value<0.0001，fold change >=2作为差异甲基化区的阈值。
（5）差异DNA甲基化区的GO（Gene Ontology）与信号通路分析
目的：对差异甲基化基因进行功能分类，并发现显著性富集的功能条目。
（6）DNA甲基化可视化
高级分析：
（1）DNA甲基化位点motif分析
通过序列分析结合生物信息学手段就可确定DNA甲基化修饰偏好序列，找到DNA甲基化特征Motif。
（2）DNA甲基化位点共有和特异性分析
根据注释信息，绘制组间共有和特异性的甲基化修饰位点或基因。
