【结论】
①通过lncRNA测序,在上万条白菜中候选的lncRNA中挑出了1,300余条与花粉授粉相关的lncRNAs。分析结果显示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整个发育过程中持续表达,其余的部分为阶段、部位特异性表达。lncRNA在白菜不同发育阶段花蕾种的表达呈现出较明显的差异,在V级花蕾中特异表达的lncRNA均最多;
②授粉受精的过程中具有众多LncRNA的表达,与未授粉对照相比,在授粉后3h即花粉管在花柱道中生长时lncRNA的表达最多;由此可以为鉴定与授粉受精过程密切相关的lncRNA。
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【彩蛋时刻】LncRNA相关数据库的介绍
1.TAIR(专门的拟南芥数据库)
TAIR(TheArabidopsisInformationResource)是拟南芥基因专门的数据库,是对模式生物拟南芥进行各类生物学研究很重要的一个信息来源。TAIR中详细记录了拟南芥的基因组图谱、各种基因的序列、结构、表达模式、功能注释及详尽的各种代谢途径,同时还包括了拟南芥种子库。在最新版的TAIR数据库中记录了拟南芥478条lncRNA的信息,但数据库并没有对这些记录在案的lncRNA进行功能注释。
2.PLncDB(目前较为全面的植物lncRNA数据库)
PLncDB(Plantlongnon-codingRNAdatabase)是目前唯一公开发表的植物lncRNA专用数据库,也是目前较为全面的植物lncRNA查询数据库。该数据库收集了EST分析、RepTAS分析、芯片、RNA-seq分析及TAIR中发现的16,227个拟南芥lncRNA的信息,记载了植物在不同组织、发育阶段、突变体和应激处理条件下这些lncRNA的表达特性,这个数据库的特点为:(1)从很多植物资源中收集到大量基因组中lncRNA的信息 (2)植物lncRNA的在线浏览及搜索平台 (3)多种样品的转录组信息融合,包括了不同组织,突变,环境胁迫,发育阶段等 (4)一系列表观修饰和小RNA数据 (5)下载浏览免费。
3.lncRNAdb(lncRNAsDatabase)常用的多物种lncRNA数据库
lncRNAdb(lncRNAsDatabase)数据库是非常常用的“多功能数据库”,其中记载了lncRNA的序列及结构特征、进化保守性、表达、基因组序列、亚细胞定位、功能证据和文献链接等其他相关信息,就植物方面,包括了拟南芥、水稻、大豆、苜蓿、葡萄、西红柿和杨树共计16个物种lncRNA表达情况和可能的功能等相关信息。
4.GENCODE(人鼠lncRNA数据库)
此数据库主要是详细记载了人和鼠相关的lncRNA,包括其序列,结构,功能,表达,保守型等。
5.NONCODE,人类动植物的non-codeRNA数据库,整合其他数据库及注释。
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