二代测序在肿瘤治疗研究项目中的应用及数据

GenomeWeb芝加哥讯 – 本周美国临床肿瘤学会年度会议中展示的研究项目包括了来自于部分研究项目的大量数据，这些研究项目均使用了二代测序技术来指导对肿瘤患者的治疗方法。

研究结果表明，正如之前科学界已报道的那样，NGS panel及更广泛的测序方法可以在很多情况下的少部分（有时是多数）患者中鉴别出与肿瘤有关的基因变异，而这些鉴别出的患者中很大一部分都可能接受基因治疗。

进行展示的某几个研究项目还通过NGS数据发现了部分具有可操作突变的患者，这些患者确实地接受了针对这些突变的治疗，很多患者均从这种靶向治疗中受益。

这些数据对于确立NGS相关疗法的临床效用至关重要，对于未对于未来进一步对比基因型疗法与非基因型疗法的实验有重大意义。同时，来自于采用了该方法的开创性研究项目的数据也揭示了这种方法对于病患照顾的影响及产生的效果。

本周会议中展示的一项研究是由Sarah Cannon研究所的科研人员完成的，该研究记录了靶向NGS的结果，这些实验是SCRI发起的根据患者的基因数据将癌症患者与临床试验进行匹配的研究项目的一部分。

从2012年10月至2013年12月，研究所共接待了1040名患者，其中936名患者有足以用于测序的肿瘤组织，对这些样品使用了覆盖35种癌症相关基因的靶向热点panel进行了测序。在420名患者中并未发现至少一种突变，即半数患者，而研究团队在100名患者中发现了可操作突变。

总的来说，这一患者群体在12天中即在临床医师面前表现出进展。另外，还有206名患者也参与到临床试验中，占了已测序患者的22%，不过超过半数的患者并未通过测序检测到任何突变，还有另外6%的患者被视为具有“无法操作”的突变。

50名具有可操作突变的患者参与到了特别针对某一个突变的实验中，这一突变是由这一组患者的NGS分析得到的。而另外53名患者则进行了非特异性针对他们的癌症驱动突变的实验。

该研究的第一作者Todd Bauer告知“临床测序新闻”，若对于基于NGS的癌症治疗，普遍认为重要的问题是这种方法是否可以鉴别突变，这些突变是否是可操作的，患者是否可利用这些发现进行治疗，这些治疗是否对患者有效，那么SCRI的研究给出的答案则分别是：“是的，是的，是的，很难说。”

“如果把问题分开来讲，例如，对于PIK3突变，我们发现了90名患者，但只有大概三分之一继续进行了实验。” Bauer说。“为何会发生这种情况？唔，部分患者的病情发展太快，没有接受任何其他治疗。有些患者则需要接受监控，以确定他们是否完成了辅药治疗或在治疗中是否表现稳定。”

研究人员在会议的海报上分享了部分数据，追踪了患者的治疗效果，对接受了针对自身基因突变的治疗的患者与那些未接受的进行了对比。

“让我们再看一看PIK3，” Bauer说，“海报上显示了两条柱形图，一条紫色一条绿色。紫色柱形图是指接受了相匹配治疗的患者，而绿色是指接受不匹配治疗的，这些柱形图的长度则是研究的平均周数。”

对具有PIK3突变的患者，不同组在患者接受临床治疗的时间长短上仅表现出很小的差别，接受基因定向药剂的临床治疗的患者平均会进行12周治疗，而接受非定向治疗的患者则会进行11.5周治疗。

对于其他突变，例如KRAS，SCRI实验得到的区别则略大一些——基因型定向治疗为12周，而非定向治疗则为8周。而在有BRAF突变的患者中，进行了基因型定向治疗的患者平均治疗时间为29.5周，相比而言服用非定向药物的患者则只有10周。

“不过实际情况要更加复杂，”Bauer说。“值得警惕的是，我的治疗中多个阶段均为晚期患者，而这些患者无法检测其活力。如果以另外的基因突变为例，例如FGFR突变，情况正好颠倒过来。”

在这一类突变中，患者群体的数据显示有两名拥有FGFR突变的患者在基因型定向治疗中病情得到了改善，而另一位FGFR突变患者则在非定向治疗中“明显好转，”Bauer说。

对于未来，Bauer说他的团体计划继续追踪实验结果。这些结果也会包含在他们的研究项目中，并且还会包含患者可能从别处接受的测序结果的分析，而不仅仅是SCRI提供的35个基因的panel。

其他研究

在会议所展示的另一份海报中，来自多伦多Princess Margaret癌症中心的一个团队展示了他们从结肠癌患者的分子基因图谱得到的研究结果，这些患者均接受了检测23个基因中279种突变的Sequenom panel测序以及覆盖48个基因的Illumina TruSeq cancer panel测序。据研究人员在会议上对CSN所述，团队最开始是使用Sequenom panel来分析患者的分子基因图谱，不过后来又转而仅使用Illumina MiSeq上的TruSeq panel来进行研究。

在他们的海报中，研究人员汇报了2012年3月至2013年10月期间参与研究的190名患者。在由Sequenom panel分析的153名患者中，55%的患者具有至少一种癌症突变，而在MiSeq分析中37名参与实验的患者中89%均发现了突变。

KRAS突变最为常见，存在于35%的患者中。其他的突变如BRAF、NRAS、PIK3CA、CTNNB1、ERBB2以及EGFR突变等，还有一些其他的突变均仅通过MiSeq panel检测得到。

对于测序结果对患者治疗方案及最终疗效的影响，研究团队到目前为止仅获得了有限的数据。会议上，主要作者Joanne Wing-Yan Chiu告知CSN，迄今为止，在Princess Margaret研究中心接受分子分析的大约240名患者中，仅有大概10位参与到了相应的定向治疗实验中。

而在另一份会议摘要中，来自德克萨斯州立大学的MD Anderson癌症中心的研究人员分享了他们得自500名晚期癌症患者的数据，这些患者均参与到了一项IRB批准的一期临床治疗中，这一项目是在研究中心的临床癌症疗法部门进行的。通过研究人员的努力，MD Anderson使用了覆盖46个基因的Ion Torrent AmpliSeq panel对保存的肿瘤样本进行了分析。根据研究团队的汇报，在分析的500名患者中，共有293名患者拥有至少一种可检测到的突变。最常见的突变基因为TP53（38%）、KRAS（11%）以及PIK3CA（10%）。根据该团队的研究成果，“将患者对应到相应的分子靶向治疗中这一方法已经起步了。”

另一项研究则提供来自于一系列肿瘤研究的数据，这些研究均为这些研究均为使用Foundation Medicine的FoundationOne癌症测序panel对患者进行分析的研究项目的一部分。该研究项目检测了医师基于FoundationOne测序结果改变治疗方案的比例，同时也监测了这些改变对患者存活率的影响。

根据展示结果，FoundationOne测试结果使得128名患者中有26名患者的医师改变了原本建议的治疗方案，而有69名患者的医师则依然按照原方案对患者进行了治疗，并未根据测序结果而改变。另外33名患者则根据医师的处方没有接受治疗，无论是测试前还是测试后。

根据作者描述，“对存活率分析以及研究结果与肿瘤基因图谱间的相关性分析的数据搜集正在进行中。”

在一项NGS定向治疗的追溯研究中，来自大量社区肿瘤学实验的研究人员报告了在632名接受NGS测试的患者中，360名患者具有可操作的突变。在对这些病例中大概300例进行追溯时，研究团队发现在34%的患者中突变测试结果均指导了治疗方案。

会议上一份来自加拿大不列颠哥伦比亚省癌症研究中心的报告记录了对Ion Torrent AmpliSeq测试结果的追踪，以及额外的DNA及RNA测序。这些实验均是在2012至2014年期间召募的65名患有不同晚期癌症的患者中进行的，其中56名成功地进行了测序。

在该研究项目中，AmpliSeq panel仅在40%的病例中检测到了可操作靶点，而全基因组及转录组数据则可以提供更全面的靶向通路的信息，在70%的病例中提供了“很大的信息量”。

根据研究人员的报道，在30名患者中21名的测序结果为可操作的，这些患者的临床数据均可查看。根据作者描述，8名患者接受了基于他们基因型的治疗，其中6名从这种基因型定向治疗中得到了临床改善。

虽然研究团队写道“为确定这种技术的实用性还需要进行进一步的研究”，他们仍然得到了这样的结论，即相比定向测序panel，全基因组测序可以提供更全面的信息及额外的临床可操作的数据。