先天性感染是由于 CMV 经胎盘垂直传播。孕妇初次或者继发感染都可能垂直传播给胎儿。初次感染后，妊娠期宫内垂直传播的概率为 30%-40%，而复发感染后这种概率仅为 1%。
但是 2009 年美国 CDC 发表的关于胎儿先天性缺陷的统计分析结果显示，妊娠期复发 CMV 感染率为 75%，CMV 感染导致的先天性缺陷占第 1 位。
其中妊娠期复发 CMV 感染占主要因素，对孕前感染率高达 95% 的中国孕妇更是如此。10%-15% 的先天性感染的婴儿会在出生时出现症状，包括宫内生长迟缓、小头畸形、肝脾肿大、淤斑、黄疸、脉络膜视网膜炎、血小板减少症和贫血。
这些婴儿中 20%-30% 会死亡，这主要是由于弥漫性血管内凝血、肝功异常或细菌重复感染。大多数先天性 CMV 感染的婴儿（85%-90%）在出生时不会出现症状或体征，但这些婴儿中 5%-15% 会出现后遗症，如感音神经性听觉丧失、精神运动发育迟缓和视觉障碍。