运用 PCR 技术、基因克隆和亚克隆比传统的方法具有更大的优点。由于 PCR 可以对单拷贝的基因放大上百万倍,产生微克(μg)级的特异 DNA 片段,从而可省略从基因组 DNA 中克隆某一特定基因片段所需要的 DNA的酶切、连接到载体 DNA 上、转化、建立 DNA 文库及基因的筛选、鉴定、亚克隆等烦琐的实验步骤。
只要知道目的基因的两侧序列,通过一对和模板 DNA 互补的引物,可以有效地从基因组 DNA 中、mRNA 序列中或已克隆到某一载体上的基因片段中扩增出所需的 DNA 序列。与传统的 DNA 克隆方法相比,采用 PCR的 DNA 克隆方法省时省力,但它需要知道目的基因两侧序列的信息。