无需建库，直接测序的测序新技术

　　来自英国老牌测序研究机构Sanger研究院，以及英国剑桥巴布拉汉研究所的研究人员发表了题为“Direct sequencing of small genomes on the Pacific Biosciences RS without library preparation”的文章，首次研发出了一种无需文库制备，就能完成DNA单分子测序的新技术，这一技术是在第三代单分子测序系统PacBio RS上完成的，不仅能简化了基因组测序的标准流程，而且也降低了所需样品DNA的数量。相关成果公布在12月的Biotechniques上。

　　需要建库的测序技术

　　一般来说，基因组测序(具体来说，指的是第一代和第二代测序方法)的实验步骤主要包括以下几点：

　　在此流程中应该说文库构建或者称序列收集最为费时费力，并且由于建库的过程中样本被扩增上千倍，因此样本中基因量的线性关系就会出现偏差，NGS定量受到影响，所以说如果能无需这部分步骤，将能大大提升基因组测序的速度和精确性。

　　无需建库的测序新技术

　　这一新技术无需进行文库制备，可直接从DNA片段获得测序数据，并且与传统标准方法相比，所需的DNA量也相当少，用量可低至不到1ng(10亿分之一克)，仅为常规测序方法的500分之一到600分之一。研究人员指出，这种方法适合用于小基因组测序。

　　文章的第一作者是Sanger研究院的Paul Coupland博士，他表示，“这是首次实现了DNA单分子的直接测序”，“我们利用这种新方法，完成了病毒和细菌的基因组测序，发现即使是没花大力气进行条件优化，我们也能鉴定出是何种生物，并且就算这些生物体内带有一些特殊的基因或质粒(决定抗生素耐药性)，或者譬如特殊DNA碱基修饰之类的遗传信息，都不会影响基因组测序。”

　　“这项技术通过优化，将能快速、高效地识别医院和其他医疗场所中的细菌和病毒，具有很大的应用潜力。而且这也将能提升序列的可信度，因为这一过程无需构建文库。”

　　研究人员在第三代单分子测序系统PacBio RS上演示了这种简化的直接测序方法，这种测序方案被称为SMRT，也就是单分子实时DNA测序技术，这种技术的一个显著特点在于从样本制备到获得测序结果，所需的时间还不到一天，因此十分适合用于传染病监控。

　　在这项研究中，研究人员利用极少量的DNA样品，分析了环形小分子单链，以及双链DNA病毒基因组，以及金黄色葡萄球菌的MRAS菌株中的一种线性片段。这些样品量只有800pg，比标准分析中所需的少了600倍。通过PacBio，研究人员虽然只完成70个片段――这相对于常规测序方法来说，不过是很小的一部分，但这些信息足以让确定这些样品是何种生物了。

　　这一方法是Sanger研究院这一平台上开发出来的，可以针对未知序列进行检查，因此可用于识别之前无法识别的生物种类，而且这种方法耗时少，样品需要量也少，是未来传染病监控，以及临床检查的一种有力手段。