目前常用的液相色谱与质谱联用具有两大分类系统，一种是从质谱的离子源角度来划分，包括电喷雾离子源﹙ESI﹚，大气压化学电离源﹙APCI﹚，大气压光电离源﹙APPI﹚和基质辅助激光解吸电离源﹙MALDI﹚等，另一种是从质谱的质量分析器角度来划分，包括四极杆、离子阱、飞行时间﹙TOF﹚和傅立叶变换质谱等。
ESI、APCI和APPI三种离子源大多与四极杆和离子阱质谱联用，是目前应用最广泛的几种液质联用仪。
