Macrogen千年基因应邀赴汕头国际眼科中心进行学术交流

　　12月21日，Macrogen千年基因应邀赴汕头大学•香港中文大学联合汕头国际眼科中心进行学术交流，该中心的陈建欢老师、陈浩宇主任等数十名研究人员参加了会议。会议期间，双方共同探讨了眼科疾病的研究进展及基因组学技术在该类疾病研究中的应用。基于汕头国际眼科中心在眼病基因组学领域取得的科研成果，以及Macrogen千年基因与中山大学中山眼科中心、四川省人民医院、湘雅医院、北京大学第三医院、上海交通大学附属新华医院、香港中文大学等单位完成上千份外显子组和转录组测序获得的丰富经验，双方肯定了高通量测序在眼科单基因病研究中的重要作用，并对外显子组和转录组测序项目中的具体问题，如样本选择、方案设计及数据分析等，进行了深入沟通，力求借助该技术从基因层面深入探究疾病的成因，使疾病的基因诊断和靶向治疗成为可能。本次学术交流的圆满举办将为双方的项目合作奠定良好的基础，并推动前沿技术在医学研究中的应用和实践，从而造福眼疾患者，促进我国眼科事业的蓬勃发展。

　　外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法，可发现常见变异及小于5%的低频突变，目前已广泛应用于单基因疾病、复杂疾病(如糖尿病)甚至是癌症的致病基因或易感基因研究。与全基因组重测序相比，外显子组测序重点关注外显子区域的 DNA，因此在相同的预算下，能够获得更高的测序覆盖度及数据准确性。同时，基于大量公共数据库提供的外显子组数据，研究人员能够结合现有资源更好地解释外显子组测序结果。以Macrogen千年基因常用的Illumina TruSeq捕获平台为例，该平台的捕获范围为62M，可覆盖外显子组、外显子侧翼序列、3’及5’UTR区、部分miRNA序列，对CCDS数据库的覆盖率>97%，RefSeq覆盖率> 96%，Encode覆盖率> 93%。

　　遗传性眼科疾病是由遗传物质变异导致的疾病，约有600余种，且除了先天性白内障、遗传性角膜营养不良等，大多数很难通过传统的方法进行治疗，目前已成为影响视觉系统的重要疾病。随着眼科遗传学和高通量测序技术的迅速发展，外显子组测序技术已广泛应用于眼科疾病的研究。2010年11 月，Science报道了华盛顿大学对于葡萄膜恶性黑色素瘤致病基因的研究成果，研究人员利用外显子组测序技术鉴定出该病的致病基因BAP1，这是外显子组测序技术首次成功应用于眼科疾病的研究。随后研究人员也利用该技术鉴定了高度近视等多种眼科疾病的致病基因，这些研究成果为眼科患者的诊断和靶向治疗提供了理论基础。

　　汕头国际眼科中心的研究人员对外显子组测序技术非常关注，希望该技术能广泛应用于更多眼科疾病的研究和分子水平的诊断。该技术是在全外显子组范围内进行疾病相关变异的检测，由于数据量较多，实验的质量就显得尤为重要，过多的假阳性或假阴性结果都会直接导致实验失败。假阳性的检测结果会导致候选的变异位点数量过多，大幅增加后期验证及功能研究实验的工作量。假阴性的检测结果会导致有价值的相关变异信息的遗漏，无法达到实验目的。关于这一点，该中心的研究人员表示，对前期与Macrogen千年基因合作的外显子组测序及信息分析的结果质量均非常满意，因此充分信赖其 “国际最高质量”的品牌信誉。

　　关于Macrogen千年基因的“国际最高质量”，与会的医学项目负责人刘南松博士作了详细说明。尽管目前用于外显子组捕获的平台较多，但一般应用 HiSeq 2000平台完成捕获DNA样品的测序。Macrogen作为Illumina Genome Network全球三家成员之一，严格使用Illumina原厂试剂，遵循Illumina Genome Network管理，是HiSeq 2000平台的全球质量代表。通过对前期大量测序结果的统计分析得知，平均99%碱基准确度达到Q20，保证85%碱基准确度达到Q30，平均clean data占raw data的比例大于90%。另外，对于外显子组测序，除了以上几个重要因素之外，测序均一性也对数据的后期分析起到至关重要的作用。虽然外显子组测序的整体覆盖度一般都大于100X，但由于测序过程中存在一定的序列偏向性，部分外显子区域的测序覆盖度较低。在进行信息分析时，通常会将覆盖度低于10X的外显子区域过滤掉，以便提高分析结果的可靠性。Macrogen千年基因的测序结果中，85%-90%的外显子区域覆盖度大于10 X，而国内很多公司的这一比例仅为70%左右。因此，Macrogen千年基因能够向研究人员提供国际最高质量的测序数据。

　　在充分了解了Macrogen千年基因“国际最高质量”的优势后，汕头国际眼科中心的研究人员均表示将来会与千年基因开展更多项目合作，并相信千年基因优异的结果质量能够助力该中心研究人员探索更多遗传性眼科疾病的分子致病机理。