枯草芽孢杆菌在污水处理及生物肥发酵或发酵床制作中应用也相当广泛，是一种多功能的微生物。
1． 市政和工业污水处理，工业循环水处理，腐化槽、化粪池等处理，畜牧养殖动物废料、臭味处理，粪便处理系统，垃圾、粪坑、粪池等处理；
2．畜牧、家禽、特种动物及宠物养殖；
3．可以与多种菌种混配，在农业生产中具有重要作用。
