病原菌侵入机体后主要停留在宿主细胞内者，称为胞内菌感染.例如结核杆菌、麻风杆菌、布氏杆菌、沙门氏菌、李斯特菌、军团菌等，这些细菌可抵抗吞噬细胞的杀菌作用，宿主对胞内菌主要靠细胞免疫发挥防御功能。参与细胞免疫的T细胞主要是TD(CD4+）细胞和TC(CD8+）细胞。此外，分布在粘膜、皮下组织和小肠绒毛上皮间数量众多的淋巴细胞称为上皮细胞间淋巴细胞，IEL中95%为T细胞。在特定条件下感染机体发生的特异性免疫应答亦可造成免疫性病理损伤。
