碱基对，是一对相互匹配的碱基（即A—T， G—C，A—U相互作用）被氢键连接起来。它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）。它还与核苷酸互换使用，尽管后者是由一个五碳糖、磷酸和一个碱基组成。
