原核生物mRNA常以多顺反子的形式存在。真核生物mRNA一般以单顺反子的形式存在。
原核生物mRNA的转录与翻译一般是偶联的，真核生物转录的mRNA前体则需经转录后加工，加工为成熟的mRNA与蛋白质结合生成信息体后才开始工作。
原核生物mRNA半寿期很短，一般为几分钟 ，最长只有数小时（RNA噬菌体中的RNA除外）。真核生物mRNA的半衰期较长， 如胚胎中的mRNA可达数日。
原核与真核生物mRNA的结构特点也不同。真核生物mRNA具有5‘帽子和3’多聚A尾巴，原核生物没有这样的首尾结构。
