1.肛周脓肿
肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。
2.直肠肛门损伤
外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。
3.肛门裂反复感染
肛门裂反复感染可并发皮下瘘。
4.会阴部手术
内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
5.结核
既往报道结核病并发结核性肛瘘者甚多。高达26．9%，近年来明显下降为4%～10%。主要为吞咽结核菌引起，少数也可血行感染引起。
6.溃疡性大肠炎
7.克罗恩病伴发
克罗恩病伴发肛瘘者高达14%～76%。
8.直肠肛管癌
直肠肛管癌波及深部并发肛瘘。
9.血行感染
糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘。
10.其他
淋巴肉芽肿，放射菌病，尾骶骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门直肠脓肿及瘘。
