治疗衣原体首选四环素、阿奇霉素，此外多西环素、米诺环素、红霉素、利福平、克拉霉素也可选用，氟喹诺酮类如左氧氟沙星、莫西沙星等也有效。β-内酰胺类、氨基糖甙类抗生素及万古霉素、大观霉素等无效。有效治疗的疗程需7～21天。鹦鹉热病情严重者可同时使用糖皮质激素。同时配合输液、给氧等一般治疗。
对于合并症，如眼睑内翻、倒睫，尿道狭窄，女性不孕等，多需采用外科手术或其他综合治疗措施。
