细菌的形态通常可分为三种基本类型：球菌：细胞球形，直径0.5～2微米；杆菌：细胞呈杆棒状，长1.5～10微米，宽0.5～1微米；螺旋菌：细胞长而弯曲，略弯曲的称为弧菌。此外，还有一类特殊的细菌，称放线菌(actinomycetes)。个体为单细胞分枝的丝状体，能产生分生孢子(conidospore)。由于放线菌的分枝丝状体和孢子形成的方式和真菌很相似，因此可把它们看作是细菌和真菌的过渡类群。
细菌细胞的构造比一般真核植物细胞简单，没有真正的细胞核，核质分散于细胞质中。细胞壁的主要化学成分是粘质复合物。多数细菌的细胞壁外面还有一层透明的胶状物质，称为荚膜（capsule），它是由多糖类物质所组成，有保护细胞的作用。不少杆菌和螺旋菌在其生活中的某一个时期生出鞭毛（flagellum）能游动。鞭毛有单生、丛生和周生的。球菌常无鞭毛，不能游动。很多杆菌生长到某个阶段，细胞失水，细胞质浓缩，逐渐形成1个厚壁的芽孢。芽孢的抗逆能力很强，遇适宜的环境条件能重新形成一个细菌，故芽孢无繁殖意义。