胚胎干细胞与基因定位整合技术相结合，对于研究基因在胚胎发育中的表达与功能具有十分重要的意义。利用这项技术可以将一些在发育过程中特定的基因敲除，在动物体内进行基因功能缺失的研究，这对于据示以前不能在体内充分证明的分子调控机制也具有重要的作用，此外，还可以在干细胞水平上利用基因功能获得性突变使特定基因在体内瞬时或长期表达，来研究基因在胚胎不同发育时期的作用。
