原理：酶反应法主要是利用番茄皮自身所含有的酶发生反应来提取番茄红素。方法是在碱性条件下，使番茄皮中的果胶酶和纤维素酶反应，分解果胶和纤维素，使得番茄红素的蛋白质复合物从细胞中溶出。
工艺流程：清洗新鲜番茄（粗称）→100℃热烫去皮（5～7s完成）→打浆→加热钝化酶活（85℃，20min）→冷却到55℃，调pH值4.5左右（用磷酸和氢氧化钠）→加果胶酶和纤维素酶混合酶（加量0.5g/100g番茄两种酶比列为1∶2）处理2h→粗滤去核→加入含2%二氯甲烷的石油醚萃取，物料比1∶3左右→分离塔分离→成品 [5]
此方法与传统的有机溶剂提取法相比，缩短了提取时间，同时提取率也有了显著的提高。