活性中心由一个锌原子，His-67， Cys-174，Cys-46，Ser-48，His-51，Ile-269，Val-292，Ala-317和Phe-319构成。锌负责结合底物酒精。Cys-146，Cys-174和His-67结合锌，Phe-319，Ala-317，His-51，Ile-269和Val-292通过氢键与NAD+稳定结合。His-51和Ile-269与烟酰胺与核糖醇形成氢键结合。Phe-319，Ala-317和Val-292与NAD+上的氨基形成氢键。关于结构锌的位点，哺乳动物的乙醇脱氢酶也有结构锌位点。在这里锌离子对蛋白质结构稳定起到至关重要的作用。用量子化学计算和分子动力学的经典方法研究的马肝醇脱氢酶（HLADH）催化和结构锌已经提示了我们它的空间结构，结构锌是由四个关系紧密的半胱氨酸配体（Cys97，Cys100，Cys103和Cys111）定位于锌离子周围近似对称的四面体上。最近的一项研究表明，锌和半胱氨酸之间的相互作用主要是通过一价的共价键结合。