细胞分裂素与植物的细胞分裂密切有关，研究发现在拟南芥的主根中，细胞分裂素并不直接影响根分生组织区中的细胞分裂，而是主要通过控制拟南芥主根分生组织区的细胞分化速度，来影响分生组织区的大小。
外源添加细胞分裂素,可以在不影响细胞分裂的情况下使主根的分生组织区变小;而部分参与细胞分裂素合成或信号转导途径的基因的缺失突变体,则表现出分生组织区增大的现象。
对于这些基因的表达形态分析和用组织特异方法降低细胞分裂素的实验表明,细胞分裂素特异地作用于基部分生组织区的维管线织,通过影响一个由AHK3/ARR1、AHK3/ARR12组成的细胞分裂素信号通路,来控制所有其他组织中细胞的分化速度在拟南芥主根中,细胞分裂和细胞分化的平衡主要是由 SHORT HYOPCOTYL2(SHY2)基因通过联结并调控生长素和细胞分裂素信号通路来实现的。
生长素通过诱导SHY蛋白的降解,来解除SHY2对于许多受生长素调节的基因的转录抑制,而SHY2蛋白的稳定性在shy2功能获得型突变体中的增加,则可以抑制PIN基因的表达,并导致主根的分生组织区变小,表明生长素通过控制SHY2蛋白在主根中的丰度,来影响生长素在主根中的运输与分布。