(1)粪便常规检查：肉眼观以糊状黏液脓血便为最常见，重症者粪质极少，少数患者以血便为主，伴有少量黏液或无黏液。镜检可见大量红细胞、脓细胞，还可见嗜酸性粒细胞，急性发作期粪便涂片中常见有大量多核的巨噬细胞。
(2)病原学检查：炎性肠病病原学检查目的在于排除感染性结肠炎，是本病诊断的一个重要步骤。病原学检查的内容包括：
①细菌培养：应反复多次检查，若满足于临床诊断，须连续做3次以上，如选择科研病例，应连续6次以上。
②溶组织阿米巴滋养体检查：取新鲜粪便，尤其是血性黏液便，反复多次检查(同细菌培养)。
③粪便集卵：留取每次的全部粪便，做集卵和孵化，应连续多次进行(同细菌培养)。可排除慢性血吸虫病及其他寄生虫感染。
④病毒学检查：本病急性发作时，应尽可能用电镜或免疫电镜在粪便中找病毒颗粒，或免疫学方法找病毒特异性抗原，以排除病毒机会性感染。
