骨囊肿可自愈，特别是骨折后，囊可被新生骨填塞，目前有人主张在囊腔内注入甲荃净的松龙，取得良好疗效，每2月可重复注射1次，80-200mg，最多可注射7次，平均为2-3次即可
，注射治疗后，可恢复正常骨结构，对病理性骨折，按骨折治疗原则治疗，若囊肿仍存在，可作刮涂术，刮除应彻底，因为残留囊壁是囊肿复发的主要原因，剥除后，植入碎骨片。
治疗医生必须完全肯定自己的诊断，并应对选择的治疗方法充满信心，必须与骨肿瘤专家进行术前的咨询、讨论，因为治疗方法有多种。当伴有病理性骨折时，保守治疗，使骨折闭合性愈合是首选。有时病理骨折的的自然愈合也能解决骨囊肿自身病灶。经皮醋酸去甲基氢化可的松囊腔内注射1次/2月，1-3次治疗后可获得满意效果。以2-5ml的MPA通过双腔管注入骨囊肿腔内，消除静脉内血肿、阻塞，并保持药效长期作用，消除病因，为目前提倡的方法。
临床医师应避免盲目决定手术治疗，遇到复发的或部位复杂的骨囊肿，最好转院至骨科肿瘤中心。由于完全切除病灶，骨连续性损失太大，单纯刮除手术应用较普遍，但复发率竟高达40%-45%。另外手术治疗时，谨防损伤病灶附近的生长板，以免影响骨生长。