异：1、原核生物基因组很小，一般只有一条染色体；而真核生物基因组结构庞大。
2、原核dna分子的绝大部分是用来编码蛋白质的，只有非常小的一部分不转录，这与真核dna的冗余现象不同。
3、原核生物dna序列中功能相关的rna和蛋白质基因，往往丛集在基因组的一个或几个特定部位，形成功能单位或转录单位，它们可被一起转录为还有多个mrna的分子，叫多顺反子mrna，而真核生物中没有这种结构，只有单顺反子。
4、原核生物基因组中还有重叠基因。
5、真核生物基因组含有大量重复序列。
6、真核生物基因不连续，有内含子、外显子；原核生物则没有。
同：1.都是脱氧核糖核酸的长链，具有双螺旋结构。
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