1、奥美拉唑可使胃内呈碱性环境，使酮康唑和伊曲康唑等药物的吸收下降。
2、当奥美拉唑与克拉霉素或红霉素合用时，它们的血药浓度会上升。但与甲硝唑或阿莫西林合用时，无相互作用。
3、奥美拉唑具有酶抑制作用，与经肝脏细胞色素P450系统（CYP2C19）代谢的药物如双香豆素、华法林、地西泮、苯妥英钠等合用时，可使后者的半衰期延长，代谢缓慢。
4、奥美拉唑的抑酸作用可影响铁剂吸收。
5、奥美拉唑可改变胃内pH值，从而使缓释和控释制剂受到破坏，药物溶出加快。
6、奥美拉唑与其它药物相互作用研究表明，每日口服奥美拉唑20～40mg不影响其他相关的CYP同功酶，与下列酶底物无代谢性相互作用，如CYP1A2（咖啡因、非那西丁、茶碱）、CYP2C9（S-华法林、吡罗昔康、双氯芬酸和萘普生）、CYP2D6（美托洛尔、普萘洛尔）、CYP2E1（乙醇）和CYP3A（利多卡因、奎尼丁、雌二醇、布地奈德）。