发布时间:2014-08-07 11:39 原文链接: NucleicAcidsResearch发布最全面的microRNA数据库

  基因是蛋白质的蓝图,而microRNA可以帮助细胞决定是否要根据这些蓝图制造蛋白。研究者们常常会面临这样的问题:某个与疾病有关的基因受到哪些microRNA的调控?或者,患者体内发现的某种microRNA负责调控什么基因?这些问题的答案,可以帮助医生和研究者们操纵机体中的致病蛋白水平(尤其是癌症)。

  日前,美国科罗拉多大学癌症中心在Nucleic Acids Research杂志上发布了一个被称为multiMiR的数据库,这个目前最全面的数据库广泛收集了microRNA及其作用靶标的信息。

  “数据库multiMiR可以让研究者们有效搜索,与疾病有关的microRNA-基因配对关系,”文章的一位资深作者,科罗拉多大学的副教授Katerina Kechris介绍道。

  除了为人们展示microRNA与其作用靶标之间的关系,该数据库还涵盖了能够影响microRNA的已知药物,列出了与microRNA有关的各种疾病。

  “现在,研究者们可以在这一数据库中寻找线索,为包括癌症在内的各种疾病开发新的治疗方式,”文章的另一位资深作者,科罗拉多大学的Dan Theodorescu教授说。

  据称multiMiR数据库整合了14个现存的microRNA数据库,并且关联了与这些microRNA有关的研究结果,允许研究者们进行更加灵活的数据分析。

  在使用这一数据库时,用户可以输入microRNA、基因、药物、疾病的名称,或者它们的任意组合。举例来说,multiMiR数据库可以根据用户输入的microRNA,搜索已验证或预测性的作用靶标。也可以根据用户指定的基因,给出已验证或预测性的调控microRNA。对于特定疾病和药物来说也是一样,该数据库可以告诉你哪些疾病和药物与你的microRNA有关。

  这篇文章举出了一些数据库的应用案例,包括分析microRNA对小鼠自发饮酒的潜在影响,研究慢性阻塞性肺病相关信号通路中的候选基因,以及能够影响膀胱癌的microRNA:基因互作。

  “我们需要通过更好的途径来分析已经获得的数据,不然就会迷失在信息的汪洋大海里,” Theodorescu说。“这项研究中的新工具能够为研究者们提供更有意义的结果,最终帮助人们开发出新的疾病治疗策略。”

相关文章

Nature|刷新认知!科学家首次证明,没有基因突变也会发生癌症

尽管癌症的发生和发展通常与体细胞突变的积累有关,但大量的表观基因组改变是肿瘤发生和癌症易感性的许多方面的基础,这表明遗传机制可能不是恶性转化的唯一驱动因素。然而,是否纯粹的非遗传机制足以启动肿瘤发生,......

《有碍食品安全的疾病目录》解读,建议收藏

《有碍食品安全的疾病目录》解读接触直接入口食品的从业人员如果罹患某些疾病,可能对食品造成污染,导致疾病传播,影响食品安全。2015修订的《食品安全法》规定患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的......

鸟儿唱歌为何差异这么大

图为在南非夸祖鲁-纳塔尔省理查德湾以西的灌木丛中拍摄到的一只红额钟声拟鴷。图为在南非豪登省比勒陀利亚东北部保护区拍摄的一只黄额钟声拟鴷。图片来源:AlexKirschel/《自然·通讯》科技日报北京4......

科学家研发国际首个整合宏微观基因组综合分析工具

近日,记者从中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室、方宗熙海洋生物进化与发育研究中心获悉,中国工程院院士包振民和教授王师团队在基因组系统解析工具开发方向取得重要进展。据悉,团队开发出国际首个......

新方法揭秘微生物“生命暗物质”

微生物具有合成多种天然产物的能力。但在微生物合成天然产物时,大量合成基因仍处于“沉默”状态。它们的产物被称为微生物“生命暗物质”。如何有效激活并挖掘这些“生命暗物质”?近日,中国科学院深圳先进技术研究......

“唤醒”沉默的基因新方法揭秘微生物“生命暗物质”

微生物具有合成多种天然产物的能力。但在微生物合成天然产物时,大量合成基因仍处于“沉默”状态。它们的产物被称为微生物“生命暗物质”。如何有效激活并挖掘这些“生命暗物质”?近日,中国科学院深圳先进技术研究......

遗传发育所克隆出小麦新型广谱抗白粉病基因

小麦白粉病是威胁粮食安全的病害之一。当前,提高小麦的白粉病抗性尤其是广谱抗性,是小麦抗病育种领域的主要任务。野生二粒小麦是普通小麦的野生祖先种,经历了长期而复杂的环境演变,积累了丰富的遗传多样性,是现......

基因编辑一针“剪”血,助力角膜新生血管治疗

近日,复旦大学附属眼耳鼻喉科医院主任医师黄锦海、周行涛团队,与暨南大学附属深圳眼科医院教授雷和田团队、温州医科大学附属眼视光医院教授王勤美团队合作,开发了一种针对VEGFA基因的CRISPR/Cas9......

基因编辑家蚕表达外源丝蛋白研究获进展

近日,国际学术期刊PNASNexus在线发表了江苏科技大学生物技术学院/农业农村部蚕桑遗传改良重点实验室教授谭安江团队的研究成果,该研究通过构建多种家蚕丝腺表达体系,实现了蜘蛛和袋蛾丝蛋白等在家蚕内的......

8年恋爱、4篇论文,他们为科研“吵了无数次”

最近几年,每隔一段时间,张冲就会发一个朋友圈,配文为“这一秒钟科学不重要”。配图则为一篇新上线论文截图,她和丈夫薛瑞栋的名字赫然在列。今年情人节,这个系列的朋友圈再次“更新”。此次的配图为一篇Natu......